L'évolution rapide des techniques de diagnostic génétique offre de nouvelles perspectives pour la prise en charge des grossesses à risque et le dépistage précoce des maladies infantiles. Cet article explore plusieurs aspects de ces avancées, en mettant en lumière les bénéfices, les limites et les défis éthiques associés.
Diagnostic Prénatal Non Invasif (DPNI) par Séquençage Haut Débit (SHD)
Le DPNI est devenu un outil essentiel pour évaluer le risque de certaines anomalies chromosomiques chez le fœtus. Traditionnellement réalisé par PCR digitale en gouttelettes (ddPCR), une nouvelle approche utilisant le séquençage haut débit (SHD) d'un panel de gènes se révèle prometteuse.
Contexte et Objectifs
Depuis 2022, un laboratoire propose aux couples à risque de transmission de maladie monogénique la réalisation d’un diagnostic prénatal non invasif (DPNI) d’exclusion par PCR digitale en gouttelettes (ddPCR). Face à l'augmentation constante des demandes de DPNI (+320% entre 2022 et 2025), il est devenu impératif de réduire les délais d'analyse. Pour ce faire, la faisabilité et la fiabilité du DPNI d'exclusion par SHD d'un panel de gènes ont été testées.
Méthodologie
L'ADN libre circulant (ADNlc) a été extrait de plasma maternel et les librairies de séquençage ont été réalisées sur l'ADNlc et l'ADN génomique parental. Un panel de 716 gènes a été ciblé avec le kit SureSelect XTHS2, puis séquencé sur un instrument NextSeq2000. L'analyse a été effectuée avec le logiciel Dragen v3.7.4. Le taux d'erreur de séquençage a été calculé grâce aux SNP homozygotes identiques chez le père et la mère. La mesure de l’absence d’amplification d’allèle, « allele drop-out » (ADO) a été évaluée en recherchant sur l’ADNlc les SNP homozygotes du père et absents chez la mère.
Résultats
La profondeur de séquençage de chaque échantillon d’ADNlc variait de 136X à 382X (médiane : 278X). Le taux d’erreur de séquençage moyen était de 0.12±0.0002% sur l’ADN libre circulant, comparable à celui obtenu sur l’ADN génomique des parents (0.13±0.0002%). Les mesures d’ADO variaient entre 0 et 7.7% (moyenne : 5.03% ±2.3%) selon les échantillons. L’analyse au cas par cas montre que la présence d’un ADO est liée à la fraction fœtale, à la profondeur de séquençage et à l’environnement nucléotidique du variant. Les fractions fœtales obtenues par SHD variaient de 3.92% à 16.57% et étaient parfaitement corrélées à celles obtenues par ddPCR.
Lire aussi: Informations et avis sur le Dr. Gerardin
Conclusion
Cette étude rétrospective valide la faisabilité du DPNI par SHD d’un panel de gènes pour le DPNI d’exclusion et fixe les seuils d’ADNlc et de fraction fœtale permettant de rester dans un risque d’erreur (faux positifs/négatifs) acceptable dans le cadre d’un diagnostic prénatal.
Dépistage Néonatal de l’Amyotrophie Spinale Infantile (SMA)
Le dépistage néonatal de l'amyotrophie spinale infantile (SMA) a été déployé en France dans le cadre du projet préfigurateur DEPISMA dans 2 régions françaises depuis décembre 2022 et sa généralisation sur tout le territoire français a débuté le 1er septembre 2025. Cette pathologie neuromusculaire grave, liée à des anomalies du gène SMN1, bénéficie aujourd’hui de traitements innovants (thérapie génique ou modulateurs de l'épissage du gène SMN2) qui ont démontré une efficacité optimale lorsqu’ils sont administrés en phase présymptomatique. Le dépistage néonatal a donc pour objectif d’identifier précocement les enfants atteints afin de leur garantir un accès rapide à une prise en charge adaptée.
Cas Clinique et Difficultés d'Interprétation
Un cas clinique particulier illustre les défis associés au dépistage néonatal. Un nourrisson dépisté pour la SMA présentait une délétion homozygote du gène SMN1 détectée par qPCR. L’examen clinique réalisé immédiatement après ce résultat suggérait une aréflexie ostéotendineuse, compatible avec une suspicion de SMA. Toutefois, le profil ddPCR à l’étape de confirmation apparaissait atypique, avec une double population de gouttelettes, ce qui a conduit à réaliser un séquençage ciblé de l’exon 7 du gène SMN1. Cette analyse a permis d’identifier un variant ponctuel c.842G>C;p.(Arg281Thr) et d’interpréter différemment le génotype : le patient est finalement porteur d’une délétion sur un allèle et du variant ponctuel sur le second allèle du gène SMN1 et de deux copies du gène SMN2. Ce variant ponctuel empêchant l’hybridation de la sonde de qPCR est à l’origine de l’erreur de génotypage lors du dépistage néonatal.
Une réévaluation clinique réalisée après identification de ce variant a montré la présence de réflexes ostéotendineux et l’absence d’hypotonie, éléments rassurants. La situation demeure néanmoins incertaine : le variant pourrait être pathogène, conférant un risque élevé de développer une SMA, ou bénin, ce qui correspondrait à un faux positif du dépistage. Dans l’attente de sa reclassification, l’enfant n’a pas reçu la thérapie génique habituellement proposée en période présymptomatique, mais bénéficie d’une surveillance clinique étroite afin de détecter tout signe évocateur de la maladie.
Importance de la Confirmation et Communication aux Parents
Ce cas clinique illustre l’importance de l’étape de confirmation et la difficulté, pour les couples, de détenir une information de signification incertaine. Il souligne la nécessité d'une communication claire et précise avec les parents, ainsi que l'importance de disposer de méthodes de confirmation fiables.
Lire aussi: Le pédiatre Christian Spitz devant les tribunaux
Séquençage d’Exome en Anténatal et Découverte de Données Incidentes
Le séquençage d’exome en anténatal est proposé devant des signes échographiques évocateurs de pathologie syndromique ou de particulière gravité. Cette analyse expose à la découverte de données incidentes.
Cas Clinique de CMMRD
Un cas de découverte incidente anté-natale de CMMRD (Constitutionnal Mismatch Repair Deficiency) illustre cette problématique. A 28 SA, 3ème grossesse d’un couple non apparenté, a été identifiée une ventriculomégalie modérée (11,5 mm à gauche) et un pied droit varus. Les échographies (T1 et T2) étaient sans particularité. La réalisation d’une analyse en QF-PCR à la recherche d’aneuploïdie et l’analyse chromosomique par CGH-array étaient sans anomalie. Le séquençage de l’exome pré-natal en trio est non conclusif quant à la venticulomégalie. Cependant des données incidentes ont été identifiées: une première concerne le gène RYR1: un variant pathogène du gène RYR1 a été identifié chez le fœtus, hérité du père, une deuxième concerne le gène PMS2: deux variants pathogènes différents du gène PMS2 ont été identifiés chez le fœtus, chacune héritée d'un des parents, conférant un statut d’hétérozygote composite au fœtus, posant le diagnostic de syndrome CMMRD.
Ce syndrome de prédisposition héréditaire au cancer, rare et sévère, est défini par la survenue précoce de tumeurs multiples pouvant concerner le cerveau, le tube digestif et le sang. Dans la cohorte du réseau européen Care For CMMRD et nord-américain IRRDC (environ 300 individus): la majorité des patients ont présenté une tumeur du spectre clinique à l'âge pédiatrique et tous les patients ont présenté au moins une tumeur du spectre à l'âge de 30 ans. Lorsque le gène PMS2 est impliqué, les âges au diagnostic sont plus tardifs mais restent le plus souvent pédiatrique (médiane à 10 ans), les tumeurs digestives sont souvent les premières manifestations. Les recommandations de surveillance sont établies à l’échelle européenne ERN GENTURIS et sont initiées cliniquement dès la naissance, complétées d’imagerie cérébrale tous les 6 mois dès le diagnostic.
Décisions Difficiles et Implications Familiales
L'évolution échographique à 32 SA + 5 jours objective une stabilité et une absence d'autre anomalie cérébrale, à l’IRM une absence de signe de tumeur cérébrale, confirmant le caractère incident de ces variants. Le couple a demandé une IMG, autorisée par le CPDPN devant la particulière gravité de ce syndrome. Une étude familiale, des mesures de prise en charge ont été mises en place pour la découverte de la prédisposition à l’hyperthermie maligne liée à RYR1. Un diagnostic présymptomatique pour le CMMRD a été proposé au frère ainé, la prise en charge des deux parents concernant la prédisposition héréditaire au syndrome de Lynch et une étude familiale. Ce cas pose la question complexe de la découverte de données incidentes dans le contexte anté-natal.
Hydramnios Isolé et Investigations Génétiques
L’hydramnios correspond à une augmentation anormale du volume de liquide amniotique, définie par un Index de Liquide Amniotique > 24 ou une Plus Grande Citerne > 8 cm. L’hydramnios, qui concerne 1 à 2% des grossesses, est un signe non spécifique pouvant être secondaire à des causes maternelles, placentaires ou fœtales ; parmi elles, diverses causes génétiques de pronostic très variable. Les explorations génétiques devant un hydramnios isolé ne sont pas standardisées.
Lire aussi: Interprétation des Résultats des Tests de Grossesse
Résultats d'une Étude
96 fœtus présentant un hydramnios isolé, diagnostiqué au deuxième ou troisième trimestre de grossesse ont été inclus dans une étude. Une recherche ciblée de maladie neuromusculaire (amyotrophie spinale infantile et maladie de Steinert) a été réalisée dans 78 cas. 56 fœtus ont bénéficié d’une recherche de syndrome de Prader Willi. Une analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) a été réalisée chez 71 fœtus. 12 fœtus ont bénéficié d’un séquençage d’exome (SE) en trio. Un fœtus a bénéficié d'une analyse ciblée du gène SOS1 en raison d'un syndrome de Noonan connu chez son père. Pour 16 fœtus, aucune analyse génétique n’a été initiée.
Aucun diagnostic de maladie neuromusculaire ni syndrome de Prader Willi n’a été porté. Un CNV pathogène causal de novo a été identifié à l’ACPA chez 2 fœtus : une délétion 22q11.2 et une délétion 7q11.23. Un CNV incidental et un PIEV ont été identifiés chez 2 autres fœtus. Un variant pathogène ou probablement pathogène a été identifié au SE chez 3 fœtus : un variant de novo du gène TAOK1, un variant du gène MAGED2, hérité de la mère et un variant du gène ERF hérité du père. Un variant de signification inconnue a été identifié chez 2 fœtus. Enfin, le variant pathogène de SOS1 a été identifié par l'analyse ciblée en contexte familial.
Recommandations
Cette étude montre l’intérêt de proposer une ACPA et un SE en trio en cas d’hydramnios isolé, afin de préciser le pronostic et/ou d’adapter la prise en charge néonatale. L’absence de spécificité de l’hydramnios rend l’interprétation des variants difficile. De plus l’hydramnios est fréquemment diagnostiqué au troisième trimestre, ce qui expose à des diagnostics en toute fin de grossesse.
Raccourcissement de la Longueur des Télomères et Anomalies du Développement
L’EUROCAT estime que la prévalence des malformations congénitales majeures est de 23,9/1000 naissances (Dolk et al, 2010). Plusieurs facteurs peuvent être à l’origine d’apparitions d’anomalies du développement (AD) embryonnaire et fœtal. Des études ont montré qu’il existait un lien entre le raccourcissement de la longueur des télomères (LT) et la survenue d’AD (Mazumdar J. et al, 2017 ; Derradji H. et al, 2008 ; Aoulad Fares D. et al, 2020 et 2022). Les télomères jouent un rôle crucial au cours du développement embryonnaire précoce et le maintien de la LT durant les premières semaines du développement serait essentiel pour assurer les nombreuses divisions cellulaires indispensables à un bon développement embryonnaire et fœtal (Ozturk S.
Études sur la Longueur des Télomères
Dans une 1ère étude (Goumy et al., 2022), la LT a été mesurée dans le liquide amniotique (LA) et les villosités choriales (VC) en cas de RCIU et d’AD. Lors d’une 2nd étude (Goumy et al., 2025), la LT a été mesurée sur 204 cordons ombilicaux après perte de grossesse (130 sans AD, 74 avec AD) et comparée à 21 cordons témoins issus de césariennes programmées. Enfin, dans notre dernière étude (Coudrieu et al., 2025), la LT fœtale et maternelle a été mesurée pour 75 grossesses évolutives présentant une AD et comparé la LT avec 49 fœtus témoins et 100 femmes témoins. Dans ces trois études, la LT a été mesurée par qPCR.
Résultats et Hypothèses
Les résultats ont montré que la LT fœtale n’était pas influencée par l’âge gestationnel ni par le sexe fœtal. Dans le LA et les VC, nous observons un raccourcissement significatif de la LT en cas de RCIU, de malformation isolée et de polymalformations, corrélé avec la sévérité du phénotype fœtal. Dans le cordon ombilical, la LT est plus courte en présence d’AD; les diminutions les plus marquées concernent les défauts de fermeture du tube neural et les atteintes cérébrales, osseuses, cardiaques et urogénitales et les malformations multiples. La LT est également plus basse en cas d’avortement spontané, mais pas en cas de MFIU sans AD. Dans le sang maternel, la LT sanguine ajustée sur l’âge est plus courte en cas d’AD fœtale.
La LT mesurée sur des prélèvements fœtaux ou chez la femme enceinte émerge comme un potentiel biomarqueur pour estimer le risque de survenue d’AD en période périconceptionnelle et prénatale. L'hypothèse est que des facteurs génétiques, maternels et/ou environnementaux pourraient altérer la maintenance des télomères dans les premières semaines du développement et être à l’origine d’AD, par instabilité génomique ou insuffisance de prolifération cellulaire.
Analyses Cytogénétiques Devant une Mort Fœtale In Utero (MFIU)
La mort fœtale in utero (MFIU) est définie par l’arrêt spontané de l’activité cardiaque fœtale à partir de 14SA. Avant, le terme utilisé dans le cas de grossesses arrêtée est celui de fausses couches spontanées. Les causes de MFIU sont multiples incluant des anomalies chromosomiques ou géniques. En France, la prévalence de la MFIU après 22SA est comprise entre 3,2 et 4,4/1000 naissances.
Objectif et Méthodologie
L’objectif de cette étude est de faire le bilan des analyses cytogénétiques effectuées en Alsace entre 2017 et 2025 devant une mort fœtale inexpliquée. Durant cette période, 239 prélèvements fœtaux ont été adressés pour MFIU dans notre laboratoire.
Résultats
Aucune analyse génétique n’a pu être effectuée pour 7 fœtus du fait d’une contamination maternelle majeure du tissu fœtal. Une aneuploïdie et une polyploïdie a été mise en évidence chez 15,5% des fœtus. Dans 80% des cas ces anomalies sont détectées par les analyses de première intention (FISH et PCR aneuploïdies). Les anomalies majoritaires retrouvées sont les triploïdies (n=7) et les trisomies 18 (n=7). Une variation du nombre de copie (hors anomalie du nombre) a également été mise en évidence par ACPA dans 3% des arrêts spontanés de grossesse. Dans certains cas, le mécanisme chromosomique n’a pas pu être déterminé du fait d’une absence de pousse cellulaire.
Conclusion
Les analyses génétiques devant une MFIU sont des situations régulières de notre activité de laboratoire. Le contexte particulier de ces prélèvements précieux mais souvent de moindre qualité représente un défi pour apporter une réponse aux couples endeuillés. L’étude de cette cohorte alsacienne nous permet de confirmer l’intérêt d’une analyse chromosomique dans cette indication.
Syndrome de Wolf-Hirschhorn et Mucopolysaccharidose de Type I : Un Cas Rare
Background: Wolf-Hirschhorn syndrome (WHS) is a rare chromosomal microdeletion syndrome caused by a deletion of chromosome 4p16.3, typically de novo, characterized by prenatal-onset growth failure, distinctive “Greek warrior helmet” facies, intellectual disability, hypotonia, and seizures. Mucopolysaccharidosis type I (Hurler syndrome) is an autosomal recessive lysosomal storage disorder caused by α-L-iduronidase deficiency, leading to dermatan and heparan sulfate accumulation and resulting in coarse facial features, organomegaly, skeletal dysplasia, and developmental regression.
Présentation de Cas
Case Presentation: We describe an 18-month-old female with features of both WHS and Hurler syndrome. She exhibited dysmorphic craniofacial features, cleft palate, growth retardation, hypotonia, and seizures consistent with WHS, and later developed a progressive thoracolumbar gibbus deformity, worsening airway obstruction, and skin coarsening suggestive of Hurler syndrome. Chromosomal …
tags: #docteur #wehbe #amine #ivg #avis