L'articulation entre les congés liés à la parentalité (maternité, paternité) et les arrêts maladie soulève de nombreuses questions en matière de gestion des ressources humaines. Cet article vise à éclaircir les droits des salariés, les obligations des employeurs et les procédures à suivre pour une gestion optimale de ces situations.
Congé de paternité et d'accueil de l'enfant : droits et obligations
Un salarié qui accueille un nouvel enfant a le droit de bénéficier d'un congé de paternité et d'accueil de l'enfant.
Maintien de la rémunération pendant le congé de paternité
Lorsqu'un salarié prend un congé de paternité et d'accueil de l'enfant, il peut bénéficier du maintien de sa rémunération brute ou nette si un accord de branche ou d'entreprise le prévoit. Ce maintien peut être total ou partiel par l'employeur, après déduction des Indemnités Journalières de Sécurité Sociale (IJSS).
Subrogation et IJSS
Lorsque l'employeur maintient la rémunération du salarié en congé de paternité, après déduction des IJSS, il peut demander à la Sécurité Sociale de percevoir directement les indemnités dues au salarié. C'est ce qu'on appelle la subrogation. Grâce à la subrogation, l'employeur n'a pas besoin de demander au salarié de lui transmettre les bordereaux IJSS pour saisie ou vérification. Après avoir déduit les cotisations sociales, l'employeur reverse au salarié les IJSS nettes.
Imposition des IJSS
Les Indemnités Journalières de Sécurité Sociale (IJSS) versées aux salariés en congé de paternité sont soumises à l'impôt sur le revenu. De plus, les IJSS sont assujetties à la CSG et à la CRDS sur les revenus de remplacement, soit un taux global de 6,70% (6,20% de CSG et 0,50% de CRDS).
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Articulation entre arrêt maladie et congés payés
La question de l'articulation entre arrêt maladie et congés payés est source de complexité. Plusieurs situations peuvent se présenter.
Acquisition de congés payés pendant un arrêt maladie
Depuis 2024 et confirmé en 2025, les congés acquis pendant un arrêt maladie sont conservés. Un salarié en arrêt maladie garde le même rythme d’acquisition de congés qu’un salarié présent. À l’employeur ensuite d’en assurer le bon suivi.
Arrêt maladie pendant les congés payés
Si l’arrêt survient au moment prévu des vacances, les congés concernés ne disparaissent pas. Ils peuvent être reportés dans la limite de quinze mois après la période d’acquisition. Ce délai n’est toutefois opposable au salarié que si l’employeur l’a informé par écrit, dans le mois qui suit la reprise :
- du nombre de jours restant à poser
- et de la date limite pour les utiliser.
Sans cet écrit, les congés demeurent dus sans limitation de temps.
Possibilité de poser des congés pendant un arrêt maladie
Un salarié en arrêt maladie ne peut pas être contraint par l’employeur à poser des jours de congés pendant cette période. À l’inverse, un salarié ne peut pas non plus décider unilatéralement de convertir son arrêt maladie en congés payés, même pour “éviter de perdre des jours”.
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Conséquences pratiques d'un arrêt maladie survenant avant ou pendant les vacances
En pratique, si un arrêt survient avant ou pendant les vacances :
- les congés initialement prévus doivent être annulés,
- le compteur du salarié est réajusté,
- un report est organisé dans la limite de 15 mois.
Exemple : un collaborateur hospitalisé la veille de son départ en congés d’été ne peut pas transformer cette période en congés payés.
Cas particuliers des congés de maternité et de paternité
Les congés acquis avant le départ en maternité ou en paternité ne sont jamais perdus. Ils peuvent être pris à l’issue du congé, même si la période légale de prise est dépassée. Dans ces cas, les droits à congés s’accumulent intégralement pendant toute la durée de l’arrêt.
Utilisation du Compte Épargne-Temps (CET)
Quand un arrêt s’étend sur plusieurs mois, organiser les congés devient souvent compliqué. Le Compte Épargne-Temps (CET) peut alors offrir une alternative intéressante : il permet de conserver et de valoriser les jours non pris au-delà du délai de quinze mois, à condition qu’un accord collectif le prévoie.
Congés en cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle
En cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle, les congés s’accumulent intégralement.
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Obligations de l'employeur
L'employeur a plusieurs obligations concernant la gestion des congés et des arrêts maladie :
- Assurer le bon suivi de l'acquisition des congés payés pendant un arrêt maladie.
- Informer par écrit le salarié, dans le mois qui suit la reprise, du nombre de jours de congés restant à poser et de la date limite pour les utiliser.
- Réajuster le compteur de congés du salarié en cas d'arrêt maladie survenant avant ou pendant les vacances.
- Organiser le report des congés non pris dans la limite de 15 mois.
- Prendre en compte les spécificités des congés de maternité et de paternité.
- Consulter les accords collectifs pour connaître les dispositions relatives au Compte Épargne-Temps (CET).
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