Introduction
La médecine génomique a révolutionné le diagnostic anténatal, offrant de nouvelles perspectives pour la détection précoce des anomalies fœtales. Cet article explore les différentes techniques de diagnostic anténatal basées sur la génomique, en mettant l'accent sur leurs applications, leurs avantages et leurs limites.
Dépistage prénatal non invasif (DPNI) par séquençage haut débit de l'ADN libre circulant
Principe et application
Le dépistage prénatal non invasif (DPNI), également connu sous le nom de test ADN libre circulant (ADNlc), est une technique de dépistage de la trisomie 21 et d'autres anomalies chromosomiques fœtales. Ce test repose sur la présence d'ADN libre circulant d'origine fœtale dans le sang maternel. Le séquençage haut débit de cet ADN permet d'analyser le génome fœtal et de détecter d'éventuelles anomalies.
Cadre réglementaire
En France, les conditions de prescription et de réalisation du DPNI sont encadrées par l'arrêté du 14 décembre 2018, qui définit les exigences relatives au dépistage et au diagnostic prénatal.
Diagnostic des anomalies chromosomiques fœtales par techniques invasives
Recherche rapide des aneuploïdies par QF-PCR
En cas de prélèvement fœtal (villosités choriales, liquide amniotique, sang fœtal), une technique rapide appelée QF-PCR (PCR quantitative fluorescente) est utilisée en priorité pour rechercher les trisomies 13, 18 ou 21 et les anomalies des chromosomes sexuels. Cette technique permet d'obtenir un premier résultat rapide en 48 heures, qui est ensuite confirmé par une analyse de cytogénétique conventionnelle (caryotype) ou une analyse chromosomique par puce à ADN (CGH array ou SNP array).
Analyse chromosomique par puce à ADN (ACPA)
L'analyse chromosomique par puce à ADN (ACPA) est une technique pangénomique qui permet de détecter des déséquilibres chromosomiques de petite taille, difficiles ou impossibles à voir sur un caryotype. Elle est indiquée en cas de signes d'appel échographiques et peut être réalisée sur des prélèvements de villosités choriales, de liquide amniotique ou de sang fœtal.
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Technologie SNP-array
Le laboratoire Eurofins Biomnis utilise une technologie de type SNP-array (Single Nucleotide Polymorphism), qui permet non seulement de détecter les CNV (Copy Number Variation), mais aussi les régions de perte d'hétérozygotie (LOH) et les triploïdies. Cette technique peut donc être utilisée pour l'étude génétique des morts fœtales.
Analyse de l'exome en prénatal
Objectifs et indications
L'analyse de l'exome en prénatal permet d'identifier une cause génétique devant des malformations découvertes durant la grossesse, afin de préciser le pronostic de l'anomalie fœtale observée et de donner un conseil génétique pour le couple et leurs familles. Elle est proposée depuis 2022 par le laboratoire Eurofins Biomnis et peut être prescrite devant des signes cliniques fortement évocateurs de maladies géniques telles que les anomalies rénales, cérébrales, osseuses, ou encore les hyperclartés nucales persistantes au second semestre.
Technique
Cette technique permet de séquencer simultanément les régions codantes des gènes, qui contiennent plus de 95 % des mutations connues à ce jour. La recherche de contamination du tissu maternel par du tissu fœtal est systématiquement réalisée.
Techniques invasives de diagnostic prénatal
Biopsie de trophoblaste
La biopsie de trophoblaste consiste à prélever des fragments de placenta appelés villosités choriales. Elle peut être réalisée entre 11 et 14 semaines d'aménorrhée (9 à 12 semaines de grossesse) lorsqu'une anomalie chromosomique est suspectée, par exemple si le risque de trisomie 21 est élevé à l'issue du dépistage, ou en cas d'anomalie à l'échographie du 1er trimestre (augmentation de la clarté nucale ou une malformation fœtale). Elle permet d'effectuer un caryotype afin de rechercher une anomalie chromosomique comme par exemple la trisomie 21 et de rechercher certaines maladies génétiques.
Le geste est pratiqué dans une salle spécifique, fonctionnant comme un bloc opératoire, avec des mesures d’asepsie strictes (désinfection cutanée, lavage des mains, gants stériles). Le médecin effectue une anesthésie locale puis prélève à l’aide d’une aiguille très fine des fragments placentaires, sous contrôle échographique. L’examen est rapide et peu douloureux.
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Les risques de la biopsie de trophoblaste sont faibles et identiques à ceux de l’amniocentèse. Ils incluent un risque de fausse couche estimé à 0,2 % et un risque d’immunisation Rhésus fœto-maternelle.
Amniocentèse
L’amniocentèse consiste à prélever à travers la paroi abdominale de la femme enceinte du liquide amniotique dans lequel baigne le fœtus. Ce prélèvement est effectué à l’aide d’une aiguille très fine. Elle permet d’effectuer diverses analyses à partir des cellules fœtales présentent dans le liquide amniotique prélevé. Le plus souvent, l’objectif est d’étudier les chromosomes du fœtus (par exemple pour déterminer s’il est ou non porteur d’une anomalie chromosomique comme la trisomie 21). L’amniocentèse permet aussi de rechercher d’autres pathologies comme une infection fœtale.
Ce geste peut être réalisé à partir de 15 semaines d’aménorrhée (13 semaines de grossesse). Une amniocentèse peut être proposée en cas de risque élevé d’anomalie chromosomique, ou en cas de maladie génétique familiale, de malformation fœtale dépistée à l’échographie, ou de suspicion d’infection fœtale.
Le geste est pratiqué dans une salle spécifique, fonctionnant comme un bloc opératoire, avec des mesures d’asepsie strictes (désinfection cutanée, lavage des mains, gants stériles). Après avoir repéré précisément la position du fœtus, le médecin prélève une petite quantité de liquide amniotique à l’aide d’une aiguille très fine à travers la paroi abdominale, en dessous de l’ombilic et sous contrôle échographique permanent. Le geste est peu douloureux, rapide et ne nécessite pas d’anesthésie.
Les risques de l’amniocentèse sont très faibles. Ils incluent un risque de fausse couche (ou d’accouchement prématuré) estimé à 0,2 % et un risque d’immunisation Rhésus fœto-maternelle.
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Funiculocentèse
La funiculocentèse consiste à obtenir du sang fœtal par la ponction d’un vaisseau ombilical guidé par une échographie. Elle se réalise à partir de la semaine 19-20. C’est une technique très importante pour les gestations où il existe un risque d’altération hématologique fœtale (des anémies, des thrombopénies…) et le sang du fœtus est une source d’information irremplaçable.
Diagnostic préimplantatoire (DPI)
Principe et indications
Le diagnostic préimplantatoire (DPI) est proposé aux couples ayant « une forte probabilité de donner naissance à un enfant atteint d'une maladie génétique d'une particulière gravité reconnue comme incurable au moment du diagnostic ». Il consiste à réaliser un diagnostic génétique à partir d’une ou de quelques cellules prélevées sur les embryons obtenus par fécondation in vitro (FIV). Seuls les embryons indemnes de la maladie seront conservés en vue de leur transfert chez la femme, pour permettre ainsi la naissance d’un enfant indemne de la maladie familiale. Le DPI représente depuis 2000 une alternative au diagnostic prénatal dont le seul recours était l’interruption médicale de grossesse, en cas d’atteinte du fœtus.
Karyomapping
Le Karyomapping est une nouvelle technique innovante de diagnostic préimplantatoire (DPI), adoptée début 2025 par le CHU Grenoble Alpes. Cette technologie permet de réduire considérablement la durée de mise au point des tests génétiques utilisés pour le diagnostic des embryons.
Le Karyomapping se base sur l’analyse de marqueurs génétiques regroupés sur une unique puce à ADN qui contient plusieurs centaines de milliers de marqueurs répartis sur tout le génome humain. Une même puce permet donc de réaliser un diagnostic pour toutes les pathologies monogéniques, sans devoir faire de mise au point spécifique pour chaque pathologie.
Rôle des centres pluridisciplinaires de diagnostic prénatal (CPDPN)
Les centres pluridisciplinaires de diagnostic prénatal (CPDPN) jouent un rôle essentiel dans la prise en charge des grossesses à risque. Ils sont composés de médecins (gynécologues-obstétriciens, échographistes, généticiens, cytogénéticiens, pédiatres, radiologues, pharmaciens, fœtopathologistes, virologues, parasitologues), de sages-femmes, conseillère en génétique, psychologues, et infirmières. Ses membres se réunissent de façon hebdomadaire pour examiner les résultats des différents examens de diagnostic prénatal et donner un avis sur les pathologies fœtales suspectées ou diagnostiquées.
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