Une épidémie de Covid-19, acronyme de l'anglais « coronavirus disease 2019 », a été officiellement déclarée en janvier 2020 dans la ville de Wuhan, en Chine. Cette épidémie s'est rapidement transformée en une pandémie qui s'est propagée dans le monde entier, bouleversant la vie de milliards de personnes et conduisant à l'imposition de confinements. La pandémie de Covid-19, causée par le SARS-CoV-2, a fait plus de 20 millions de morts, dont 168 000 en France. Cinq ans après le début de la pandémie de Covid-19, l’origine du coronavirus fait toujours l’objet de vives controverses, même s’il est avéré qu’il a émergé dans la région de la ville chinoise de Wuhan. Près de cinq ans après son émergence, la communauté scientifique internationale n'est toujours pas parvenue à déterminer avec certitude l'origine du Covid-19. La diffusion très rapide du virus SARS-CoV-2 (ou SRAS-Cov2 pour « Syndrome respiratoire aigu sévère »), responsable de cette pandémie, a conduit à imposer des confinements à tous, indépendamment des classes d’âge ou de sensibilités observées à la maladie.
Mais d'où vient le virus ? Le présent article vise à décrire ce qui est su de l’origine de ce virus et en quoi cela peut nous intéresser, même après la fin de la pandémie. Il est important de rappeler au préalable qu’un virus ne peut pas se multiplier seul, mais uniquement à l’intérieur de cellules d’autres espèces au sein desquelles il doit d’abord pouvoir pénétrer.
Les Deux Thèses Principales sur l'Origine du SARS-CoV-2
Depuis l'apparition du Sars-CoV-2 fin 2019, deux théories s'affrontent. Deux hypothèses s’affrontent : une transmission naturelle de l’animal à l’humain, a priori sur le site du marché de Wuhan, ou la fuite d’un virus modifié de manière expérimentale depuis un laboratoire basé dans la ville. Un comité scientifique mandaté par l’organisation onusienne estime que si l’hypothèse d’une contamination animale est la mieux étayée par les données disponibles, celle d’un accident de laboratoire ne doit pas être écartée. Les deux pistes les plus sérieuses sont la zoonose et l’accident de laboratoire.
La Thèse Zoonotique : Un Passage de l'Animal à l'Homme
La première thèse est dite de l’origine zoonotique (maladie liée aux animaux en ancien grec) selon laquelle le virus serait passé d’animaux à des humains. L’hypothèse d’une zoonose était la plus logique car elle correspondait à ce qui avait été observé lors des deux précédentes épidémies à coronavirus et, par ailleurs, la séquence génétique du SARS-CoV-2 s’est révélée très proche de celle d’un virus de chauve-souris (RaTG13) collecté en 2013 et dont la séquence a été publiée en mars 2020. Le réservoir animal s’est avéré être la chauve-souris avec, pour hôte intermédiaire, la civette palmiste à masque vendue sur des marchés en Chine, permettant le passage à l’Homme par franchissement de la barrière des espèces.
Ce mot compliqué recouvre en fait deux sous-thèses extrêmement différentes.
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- La première sous-thèse est qu’un écosystème (marais, grotte,…) ait été colonisé par des humains qui auraient alors été mis en présence d’un virus auquel ils n’étaient pas accoutumés et qui se propagerait chez l’humain. Cela pourrait aussi être qu’un animal, hôte intermédiaire, ait été contaminé et qu’il ait facilité le passage à l’humain, par exemple par des animaux sauvages couramment mangés en Chine (pangolin, chien viverrin,…).
- La seconde sous-thèse est liée aux élevages industriels en Chine, qui mélangent des milliers de porcs et des dizaines de milliers de poulets. Le risque qu’un virus spécifique du porc soit, par hasard, adapté au poulet et, simultanément, qu’il y ait un poulet à proximité est grand dans un tel élevage. Ayant été sélectionné pour sauter une barrière d’espèces (du porc au poulet), il va se multiplier d’autant plus vite par la concentration de milliers d’animaux en un même milieu clos. Une telle origine n’est pas naturelle, mais industrielle. Très souvent, l’État impose l’abattage des animaux en cas de contamination, y compris aux élevages en plein air de petite taille, qui ne présentent pas les mêmes risques et ne sont pas des sources de contamination. Ainsi, même cette seconde sous-thèse (élevage industriel) est politiquement intéressante et ne doit pas être oblitérée par la première.
Les scientifiques ont d’abord privilégié la piste d’une zoonose, le SARS-CoV 2 étant un sarbécovirus proche de ceux connus chez les chauves-souris. « Le pangolin a d’abord été mis en cause, mais il est rapidement apparu que la séquence globale de son virus était finalement trop distante de celle du SARSCoV-2 pour considérer cet animal comme hôte intermédiaire », expliquent les académiciens. À ce jour, regrette l’Académie, « aucun résultat obtenu n’a pu apporter suffisamment d’arguments prouvant qu’une espèce animale infectée était porteuse d’un virus progéniteur de la pandémie ». D’autant que les autorités chinoises ont été des plus rétives à collaborer avec les enquêteurs internationaux, en bloquant notamment de nombreuses informations.
Une étude publiée dans la prestigieuse revue Science, qui a analysé la géographie des cas de Covid-19 durant le mois de décembre 2019, avait ainsi démontré que les cas étaient étroitement rassemblés autour du marché en question.
La Thèse d'une Fuite de Laboratoire
La seconde thèse est celle d’une fuite d’un ou de plusieurs laboratoires. Très marginale à ses débuts, une autre explication a très tôt été avancée par des scientifiques sérieux : celle d’une fuite de laboratoire. En d’autres termes, le virus se serait échappé accidentellement d’un laboratoire effectuant des recherches sur ce type de virus. Ce pourrait être un virus prélevé dans la nature et étudié par les chercheurs ou un virus génétiquement modifié dans le cadre d’expériences scientifiques. Les partisans de l’hypothèse de la fuite d’un laboratoire, qui a notamment la faveur des agences de renseignement américaines, soulignent que les premiers cas connus de Covid-19 ont émergé à Wuhan, en Chine, où est hébergé un institut de virologie réputé pour ses recherches sur les coronavirus. La ville est en outre située à quelque 1 600 km du foyer le plus proche de chauves-souris porteuses de virus de type SRAS (tel le SARS-CoV-2 entraînant la maladie de Covid-19). Ils affirment enfin que le Sars COV 2 présente des éléments uniques qui ne se retrouvent pas chez les autres virus présents dans la nature, et sont susceptibles d’augmenter sa transmissibilité.
Les laboratoires qui manipulent des virus ou agents infectieux sont classés par ordre croissant de normes de sécurité, de P1 à P4. Les laboratoires P4 sont les seuls à être autorisés à manipuler des virus mortels pour les humains et pour lesquels il n’y a pas de vaccin ni de soin. Même en laboratoire P3, les scientifiques sont dotés d’un approvisionnement en air individuel. Mais les virus sont si petits que les erreurs sont la règle et pas l’exception.
Les GOF (Gain of Function) : Création de Super Virus ?
Sommairement, les GOF désignent des techniques qui permettent de faire gagner ou perdre une fonction à un virus. Ce sont soit des techniques de modifications génétiques (qui donnent donc des OGM), soit des techniques de cultures in vitro de virus exposés à des cellules d’un autre type que celui pour lequel ils sont adaptés par évolution. Les cultures in vitro changent la pression de sélection pour que le virus gagne ou perde une fonction au fur et à mesure de ses multiplications successives et graduelles. On parle aussi de « passage en série », où on expose les virus successivement à des cellules, à des milieux de culture ou à des animaux dans l’intention de sélectionner un changement génétique sans le fabriquer (cas des OGM).
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Par exemple, des scientifiques modifient génétiquement des souris pour qu’elles aient sur certaines de leurs cellules un récepteur de type humain. Ce sont des souris OGM « humanisées ». Puis, ils injectent dans ces souris OGM des virus adaptés aux chauves-souris. Les virus qui survivent sont ceux qui ont réussi à s’adapter pour attaquer des cellules « humanisées ». Petit à petit, ils font une sélection orientée pour avoir des virus capables d’attaquer des cellules humanisées, et donc aussi des cellules humaines.
Selon les travaux d’une commission bipartisane de la chambre des représentants des États-Unis, l’institut de virologie de Wuhan « menait des études de gain de fonction (gain of fonction, GOF), en collaboration avec des équipes américaines sur des coronavirus afin de comprendre les mécanismes de franchissement de barrière d’espèces ». Et d’ajouter : « Leur projet consistait en l’insertion de la séquence du site de clivage par la furine dans celle de la protéine spike de coronavirus, afin d’en étudier les conséquences sur l’infection de souris humanisées. Les conditions de sécurité biologique à Wuhan pour ce type de travail (BSL2 voire BSL3) sembleraient avoir été manifestement limitées et insuffisantes. »
Le Professeur Simon Wayn-Hobson (département de virologie, Institut Pasteur, Paris) soutient que « les conséquences d’un accident pourraient aller de quelques infections à une pandémie catastrophique ». Le Professeur Anton van der Merwe (Université d’Oxford) soutient lui, dans le Financial Times, que « les chercheurs font et veulent continuer de faire précisément les expériences qui font des fuites de laboratoire plus probables. Cela inclut les GOF ». Selon lui, il y a « peu de justifications pour de telles expériences, sauf la curiosité scientifique et le désir de prestige ».
Acteurs Clés dans la Recherche sur les Coronavirus
Plusieurs acteurs clés ont été impliqués dans la recherche sur les coronavirus, notamment :
- Zhengli Shi : Elle a fait sa thèse à Montpellier, puis a eu plusieurs postes aux États-Unis. Depuis plus de 10 ans, elle dirige le laboratoire P3 de Wuhan, conçu par l’Institut Pasteur et construit avec l’appui financier de la France, et elle codirige son laboratoire P4 (le type P4 est le plus surveillé), bénéficiant pour cela de financements du gouvernement des États-Unis par l’intermédiaire d’une ONG elle aussi étasunienne, EcoHealth Alliance.
- Ralph Baric : Il codirige avec des militaires le laboratoire de virologie de Caroline du Nord (États-Unis).
- Peter Daszak : Le président de l’ONG EcoHealth Alliance est un personnage central. Depuis 20 ans, il a collecté plus de 80 millions de dollars auprès d’organismes de recherche des États-Unis pour récolter des virus et faire des expériences de GOF sur eux. Il promet que, grâce à ses collectes de virus et les travaux de GOF, d’autres chercheurs trouveront alors des vaccins.
- Antony Fauci : Il a été conseiller pour la santé publique de huit présidents des États-Unis et directeur de l’Institut national des allergies et des maladies infectieuses (NIAID) de 1984 à 2022. Il a favorisé d’importants progrès dans la lutte chimique contre le VIH. Il a défendu les GOF, la thèse zoonotique et soutenu Daszak et Baric.
L'Affaire de la Mine de Mojiang
En 2012, six mineurs (entre 30 et 63 ans) travaillaient dans une mine à Mojiang (province du Yunnan, Chine) dans laquelle vivaient des chauve-souris. Quelques semaines plus tard, ils ont été admis dans l’hôpital de Kunming avec des toux persistantes, fièvre, difficulté à respirer. Trois y sont morts. Cette mine se situe à 1 500km de Wuhan. Un collectif de chercheurs (DRASTIC) a rendu publique cette information.
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Entre 2012 et 2015, les chercheurs des laboratoires de virologie de Wuhan (WIV) ont identifié 293 coronavirus aux alentours et dans cette mine, dont un dénommé RATG13. Tous ces virus étaient séquencés et consultables dans une base de données que le WIV laissait accessible à tous sur Internet. Aucun n’est adapté à la transmission entre humains selon le WIV et selon Zhengli Shi ; les mineurs seraient morts d’une infection par un champignon.
Il se trouve que RATG13 est, selon Zhengli Shi, le plus proche ancêtre du SARS-CoV2, car il l’est à 96,2 %. Mais ce n’est pas assez pour être un ancêtre ayant autant « naturellement » évolué (3,8%) en seulement 6 ans. Les scientifiques peuvent estimer la vitesse de mutation par reproduction naturelle. Donc, soit ce n’est en fait pas l’ancêtre et il faut le chercher ailleurs, soit il n’a pas évolué « naturellement ». De plus, selon la thèse zoonotique, si RATG13 est l’ancêtre, il aurait parcouru 1 500km, de Mojiang à Wuhan, sans susciter d’épidémie.
Le Rôle du Marché de Huanan à Wuhan
La description des premiers cas de SARS-CoV-2 aux abords du marché de Wuhan plaide en faveur d’un franchissement naturel de la barrière d’espèces à partir d’un hôte intermédiaire commercialisé à cet endroit. Avec ce type de données, mises à la disposition des chercheurs par des scientifiques chinois, "on ne peut pas dire avec certitude si les animaux [présents sur le marché] étaient infectés ou non", prévient Florence Débarre, chercheuse au CNRS et co-autrice de l'étude. Mais, "notre étude permet de confirmer qu'il y avait dans ce marché fin 2019 des animaux sauvages appartenant notamment à des espèces comme les chiens viverrins ou les civettes.
Dans le cadre de l'étude, "des chariots d'animaux, une cage, un chariot à ordures et une machine à enlever les poils et plumes provenant d'un stand de faune sauvage" ont été testés positifs au Sars-CoV-2 et il y avait dans ces échantillons "plus d'ADN d'espèces de mammifères sauvages qu'humain". Un autre élément pointe vers le marché comme point de départ de la propagation du virus. L'étude établit que "l'ancêtre commun le plus récent (MRCA)" de Sars-CoV-2 trouvé dans les échantillons du marché, c'est-à-dire la souche originelle, est "génétiquement identique" au MRCA de la pandémie dans son ensemble.
Les Leçons des Épidémies Précédentes : SRAS et MERS
Le virus du SARS de 2002, différent du SARS-Cov2, a requis cinq mois pour être isolé et séquencé. L’origine est un SARS des chauve-souris passé par la civette, puis à l’humain. On remarquera que ce premier épisode de SARS est d’origine zoonotique.
Le MERS est quant à lui apparu en juin 2012. Un médecin saoudien a requis le virologue néerlandais Ron Fouchier (spécialiste des GOF), qui a obtenu le séquençage du virus publié le 8 novembre 2012, soit en cinq mois. Dès le début, l’hôte intermédiaire était connu comme étant le chameau.
Les moyens actuels sont sans commune mesure avec ceux de 2003 ou 2012. Par exemple, le séquençage d’un virus se fait désormais en 4 ou 5 jours. Celui du SARS-Cov2 a été réalisé fin 2019 en 5 jours et diffusé dès le 11 janvier 2020.
La Difficulté de Déterminer une Origine Unique
L’Académie de médecine ne tranche pas dans un rapport, publié ce mercredi 2 avril, qui suscite de vives critiques sur son niveau d’exigence scientifique. "Tout laisse à penser, qu’en l’absence de données, l’on risque de ne jamais connaître l’origine de la pandémie", conclut l’Académie à l’issue de ce travail d’une vingtaine de pages.
Un comité scientifique mandaté par l’organisation onusienne estime que si l’hypothèse d’une contamination animale est la mieux étayée par les données disponibles, celle d’un accident de laboratoire ne doit pas être écartée. Faute de données sur les activités conduites dans les laboratoires de virologie de Wuhan, l’hypothèse de l’accident « ne peut être exclue ni prouvée sans information supplémentaire », écrivent-ils. Des lacunes dans les données disponibles, et de potentiels biais dans leur recueil, ne leur permettent pas non plus d’affirmer que l’hypothèse zoonotique est la bonne, même si « elle est actuellement considérée comme la mieux étayée par les données scientifiques disponibles ».