Introduction
Le diagnostic prénatal (DPN) et le dépistage néonatal sont des domaines en constante évolution, visant à améliorer la santé des enfants et à accompagner les familles. Cet article explore les avancées récentes, les défis rencontrés et les témoignages liés à ces pratiques, en s'appuyant sur des études et des cas cliniques spécifiques. L'objectif est d'offrir une vue d'ensemble des enjeux actuels et futurs de ces approches médicales.
Diagnostic Prénatal Non Invasif (DPNI) par Séquençage Haut Débit (SHD)
Contexte et Objectifs
Le diagnostic prénatal non invasif (DPNI) est une méthode de plus en plus utilisée pour détecter les maladies monogéniques chez les fœtus, particulièrement lorsque les parents présentent un risque de transmission. Depuis 2022, de nombreux laboratoires proposent le DPNI d’exclusion par PCR digitale en gouttelettes (ddPCR). Cependant, cette technique nécessite une mise au point et une validation préliminaires longues, ce qui peut retarder le diagnostic. Face à une augmentation constante des demandes de DPNI, une étude a été menée pour évaluer la faisabilité et la fiabilité du DPNI d’exclusion par séquençage haut débit (SHD) d’un panel de gènes, dans le but de réduire les délais et de répondre à l’afflux d’analyses.
Méthodologie
L’étude a utilisé l’ADN libre circulant (ADNlc) extrait de 5 à 10 ml de plasma maternel. Les librairies de séquençage ont été réalisées sur l’ADNlc et l’ADN génomique parental par capture d’un panel de 716 gènes avec le kit SureSelect XTHS2 (Agilent technologies), séquencées sur un instrument NextSeq2000 (Illumina) en 2x150pb et analysées avec le logiciel Dragen v3.7.4. Le taux d’erreur de séquençage a été calculé grâce aux SNP homozygotes identiques chez le père et la mère. La mesure de l’absence d’amplification d’allèle, « allele drop-out » (ADO) a été évaluée en recherchant sur l’ADNlc les SNP homozygotes du père et absents chez la mère.
Résultats
Les résultats ont montré que la profondeur de séquençage de chaque échantillon d’ADNlc variait de 136X à 382X (médiane : 278X). Le taux d’erreur de séquençage moyen était de 0.12±0.0002% sur l’ADN libre circulant, comparable à celui obtenu sur l’ADN génomique des parents (0.13±0.0002%). Les mesures d’ADO variaient entre 0 et 7.7% (moyenne : 5.03% ±2.3%) selon les échantillons. L’analyse au cas par cas a montré que la présence d’un ADO est liée à la fraction fœtale, à la profondeur de séquençage et à l’environnement nucléotidique du variant. Les fractions fœtales obtenues par SHD variaient de 3.92% à 16.57% et étaient parfaitement corrélées à celles obtenues par ddPCR.
Conclusion
Cette étude rétrospective a validé la faisabilité du DPNI par SHD d’un panel de gènes pour le DPNI d’exclusion et a fixé les seuils d’ADNlc et de fraction fœtale permettant de rester dans un risque d’erreur acceptable dans le cadre d’un diagnostic prénatal.
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Dépistage Néonatal de l’Amyotrophie Spinale Infantile (SMA)
Contexte et Objectifs
Le dépistage néonatal de l’amyotrophie spinale infantile (Spinal Muscular Atrophy ; SMA) a été déployé en France dans le cadre du projet préfigurateur DEPISMA dans 2 régions françaises depuis décembre 2022 et sa généralisation sur tout le territoire français a débuté le 1er septembre 2025. La SMA est une pathologie neuromusculaire grave, liée à des anomalies du gène SMN1. Des traitements innovants (thérapie génique ou modulateurs de l'épissage du gène SMN2) ont démontré une efficacité optimale lorsqu’ils sont administrés en phase présymptomatique. Le dépistage néonatal a donc pour objectif d’identifier précocement les enfants atteints afin de leur garantir un accès rapide à une prise en charge adaptée.
Cas Clinique Illustratif
Un cas clinique particulier illustre les défis et l'importance de la confirmation dans le dépistage néonatal. Un nourrisson dépisté dans ce contexte a montré une délétion homozygote du gène SMN1 détectée par qPCR à l’étape du dépistage. L’examen clinique suggérait une aréflexie ostéotendineuse, compatible avec une suspicion de SMA. Cependant, le profil ddPCR à l’étape de confirmation apparaissait atypique, avec une double population de gouttelettes, ce qui a conduit à réaliser un séquençage ciblé de l’exon 7 du gène SMN1.
Cette analyse a permis d’identifier un variant ponctuel c.842G>C;p.(Arg281Thr) et d’interpréter différemment le génotype : le patient est finalement porteur d’une délétion sur un allèle et du variant ponctuel sur le second allèle du gène SMN1 et de deux copies du gène SMN2. Ce variant ponctuel empêchant l’hybridation de la sonde de qPCR est à l’origine de l’erreur de génotypage lors du dépistage néonatal.
Conséquences et Implications
Une réévaluation clinique réalisée après identification de ce variant a montré la présence de réflexes ostéotendineux et l’absence d’hypotonie, éléments rassurants. La situation demeure néanmoins incertaine : le variant pourrait être pathogène, conférant un risque élevé de développer une SMA, ou bénin, ce qui correspondrait à un faux positif du dépistage. Dans l’attente de sa reclassification, l’enfant n’a pas reçu la thérapie génique habituellement proposée en période présymptomatique, mais bénéficie d’une surveillance clinique étroite afin de détecter tout signe évocateur de la maladie.
Conclusion
Ce cas clinique illustre l’importance de l’étape de confirmation et la difficulté, pour les couples, de détenir une information de signification incertaine. Il souligne la nécessité de méthodes de confirmation fiables et d'une communication claire avec les familles.
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Découverte Incidente Anténatale de CMMRD (Constitutionnal Mismatch Repair Deficiency)
Contexte et Objectifs
Le séquençage d’exome en anténatal est proposé devant des signes échographiques évocateurs de pathologie syndromique ou de particulière gravité. Cette analyse expose à la découverte de données incidentes, c'est-à-dire des informations génétiques non recherchées initialement mais découvertes au cours de l'analyse.
Cas Clinique Illustratif
Un cas particulier concerne la découverte incidente anté-natale de CMMRD (Constitutionnal Mismatch Repair Deficiency). À 28 SA, lors de la 3ème grossesse d’un couple non apparenté, une ventriculomégalie modérée (11,5 mm à gauche) et un pied droit varus ont été identifiés. Les échographies (T1 et T2) étaient sans particularité. La réalisation d’une analyse en QF-PCR à la recherche d’aneuploïdie et l’analyse chromosomique par CGH-array étaient sans anomalie. Le séquençage de l’exome pré-natal en trio est non conclusif quant à la venticulomégalie.
Cependant, des données incidentes ont été identifiées :
- Une première concerne le gène RYR1 : un variant pathogène du gène RYR1 a été identifié chez le fœtus, hérité du père.
- Une deuxième concerne le gène PMS2 : deux variants pathogènes différents du gène PMS2 ont été identifiés chez le fœtus, chacune héritée d'un des parents, conférant un statut d’hétérozygote composite au fœtus, posant le diagnostic de syndrome CMMRD.
Implications et Prise en Charge
Ce syndrome de prédisposition héréditaire au cancer, rare et sévère, est défini par la survenue précoce de tumeurs multiples pouvant concerner le cerveau, le tube digestif et le sang. Dans la cohorte du réseau européen Care For CMMRD et nord-américain IRRDC (environ 300 individus), la majorité des patients ont présenté une tumeur du spectre clinique à l'âge pédiatrique, et tous les patients ont présenté au moins une tumeur du spectre à l'âge de 30 ans. Lorsque le gène PMS2 est impliqué, les âges au diagnostic sont plus tardifs mais restent le plus souvent pédiatrique (médiane à 10 ans), les tumeurs digestives étant souvent les premières manifestations.
Les recommandations de surveillance sont établies à l’échelle européenne ERN GENTURIS et sont initiées cliniquement dès la naissance, complétées d’imagerie cérébrale tous les 6 mois dès le diagnostic. L'évolution échographique à 32 SA + 5 jours objective une stabilité et une absence d'autre anomalie cérébrale, à l’IRM une absence de signe de tumeur cérébrale, confirmant le caractère incident de ces variants.
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Le couple a demandé une IMG, autorisée par le CPDPN devant la particulière gravité de ce syndrome. Une étude familiale et des mesures de prise en charge ont été mises en place pour la découverte de la prédisposition à l’hyperthermie maligne liée à RYR1. Un diagnostic présymptomatique pour le CMMRD a été proposé au frère ainé, et une prise en charge des deux parents concernant la prédisposition héréditaire au syndrome de Lynch et une étude familiale ont été mises en place.
Conclusion
Ce cas pose la question complexe de la découverte de données incidentes dans le contexte anté-natal, soulignant la nécessité d'une information claire et d'un accompagnement adapté pour les familles confrontées à de telles découvertes.
Exploration Génétique Face à un Hydramnios Isolé
Contexte et Objectifs
L’hydramnios correspond à une augmentation anormale du volume de liquide amniotique, définie par un Index de Liquide Amniotique > 24 ou une Plus Grande Citerne > 8 cm. L’hydramnios, qui concerne 1 à 2% des grossesses, est un signe non spécifique pouvant être secondaire à des causes maternelles, placentaires ou fœtales ; parmi elles, diverses causes génétiques de pronostic très variable. Les explorations génétiques devant un hydramnios isolé ne sont pas standardisées.
Méthodologie et Résultats
Une étude a inclus 96 fœtus présentant un hydramnios isolé, diagnostiqué au deuxième ou troisième trimestre de grossesse. Une recherche ciblée de maladie neuromusculaire (amyotrophie spinale infantile et maladie de Steinert) a été réalisée dans 78 cas. 56 fœtus ont bénéficié d’une recherche de syndrome de Prader Willi. Une analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) a été réalisée chez 71 fœtus. 12 fœtus ont bénéficié d’un séquençage d’exome (SE) en trio. Un fœtus a bénéficié d'une analyse ciblée du gène SOS1 en raison d'un syndrome de Noonan connu chez son père. Pour 16 fœtus, aucune analyse génétique n’a été initiée.
Aucun diagnostic de maladie neuromusculaire ni syndrome de Prader Willi n’a été porté. Un CNV pathogène causal de novo a été identifié à l’ACPA chez 2 fœtus : une délétion 22q11.2 et une délétion 7q11.23. Un CNV incidental et un PIEV ont été identifiés chez 2 autres fœtus. Un variant pathogène ou probablement pathogène a été identifié au SE chez 3 fœtus : un variant de novo du gène TAOK1, un variant du gène MAGED2, hérité de la mère et un variant du gène ERF hérité du père. Un variant de signification inconnue a été identifié chez 2 fœtus. Enfin, le variant pathogène de SOS1 a été identifié par l'analyse ciblée en contexte familial.
Conclusion
Cette étude montre l’intérêt de proposer une ACPA et un SE en trio en cas d’hydramnios isolé, afin de préciser le pronostic et/ou d’adapter la prise en charge néonatale. L’absence de spécificité de l’hydramnios rend l’interprétation des variants difficile. De plus l’hydramnios est fréquemment diagnostiqué au troisième trimestre, ce qui expose à des diagnostics en toute fin de grossesse.
Raccourcissement de la Longueur des Télomères et Anomalies du Développement
Contexte et Objectifs
L’EUROCAT estime que la prévalence des malformations congénitales majeures est de 23,9/1000 naissances. Plusieurs facteurs peuvent être à l’origine d’apparitions d’anomalies du développement (AD) embryonnaire et fœtal. Des études ont montré qu’il existait un lien entre le raccourcissement de la longueur des télomères (LT) et la survenue d’AD. Les télomères jouent un rôle crucial au cours du développement embryonnaire précoce, et le maintien de la LT durant les premières semaines du développement serait essentiel pour assurer les nombreuses divisions cellulaires indispensables à un bon développement embryonnaire et fœtal.
Méthodologie et Résultats
Plusieurs études ont été menées pour explorer ce lien :
- Dans une 1ère étude, la LT a été mesurée dans le liquide amniotique (LA) et les villosités choriales (VC) en cas de RCIU et d’AD.
- Lors d’une 2nd étude, la LT a été mesurée sur 204 cordons ombilicaux après perte de grossesse (130 sans AD, 74 avec AD) et comparée à 21 cordons témoins issus de césariennes programmées.
- Enfin, dans une dernière étude, la LT fœtale et maternelle a été mesurée pour 75 grossesses évolutives présentant une AD et comparée à la LT avec 49 fœtus témoins et 100 femmes témoins.
Dans ces trois études, la LT a été mesurée par qPCR. Les résultats ont montré que la LT fœtale n’était pas influencée par l’âge gestationnel ni par le sexe fœtal. Dans le LA et les VC, un raccourcissement significatif de la LT est observé en cas de RCIU, de malformation isolée et de polymalformations, corrélé avec la sévérité du phénotype fœtal. Dans le cordon ombilical, la LT est plus courte en présence d’AD; les diminutions les plus marquées concernent les défauts de fermeture du tube neural et les atteintes cérébrales, osseuses, cardiaques et urogénitales et les malformations multiples. La LT est également plus basse en cas d’avortement spontané, mais pas en cas de MFIU sans AD. Dans le sang maternel, la LT sanguine ajustée sur l’âge est plus courte en cas d’AD fœtale.
Conclusion
La LT mesurée sur des prélèvements fœtaux ou chez la femme enceinte émerge comme un potentiel biomarqueur pour estimer le risque de survenue d’AD en période périconceptionnelle et prénatale. L’hypothèse est que des facteurs génétiques, maternels et/ou environnementaux pourraient altérer la maintenance des télomères dans les premières semaines du développement et être à l’origine d’AD, par instabilité génomique ou insuffisance de prolifération cellulaire.
Analyses Cytogénétiques Devant une Mort Fœtale In Utero (MFIU) Inexpliquée
Contexte et Objectifs
La mort fœtale in utero (MFIU) est définie par l’arrêt spontané de l’activité cardiaque fœtale à partir de 14SA. Avant, le terme utilisé dans le cas de grossesses arrêtée est celui de fausses couches spontanées. Les causes de MFIU sont multiples, incluant des anomalies chromosomiques ou géniques. En France, la prévalence de la MFIU après 22SA est comprise entre 3,2 et 4,4/1000 naissances. L’objectif de cette étude est de faire le bilan des analyses cytogénétiques effectuées en Alsace entre 2017 et 2025 devant une mort fœtale inexpliquée.
Méthodologie et Résultats
Durant cette période, 239 prélèvements fœtaux ont été adressés pour MFIU dans un laboratoire. Aucune analyse génétique n’a pu être effectuée pour 7 fœtus du fait d’une contamination maternelle majeure du tissu fœtal. Une aneuploïdie et une polyploïdie a été mise en évidence chez 15,5% des fœtus. Dans 80% des cas, ces anomalies sont détectées par les analyses de première intention (FISH et PCR aneuploïdies). Les anomalies majoritaires retrouvées sont les triploïdies (n=7) et les trisomies 18 (n=7). Une variation du nombre de copie (hors anomalie du nombre) a également été mise en évidence par ACPA dans 3% des arrêts spontanés de grossesse. Dans certains cas, le mécanisme chromosomique n’a pas pu être déterminé du fait d’une absence de pousse cellulaire.
Conclusion
Les analyses génétiques devant une MFIU sont des situations régulières de l’activité de laboratoire. Le contexte particulier de ces prélèvements précieux mais souvent de moindre qualité représente un défi pour apporter une réponse aux couples endeuillés. L’étude de cette cohorte alsacienne permet de confirmer l’intérêt d’une analyse chromosomique dans cette indication.
Autres Conditions et Syndromes Génétiques
Syndrome de Wolf-Hirschhorn et Mucopolysaccharidose de Type I
Le syndrome de Wolf-Hirschhorn (WHS) est un syndrome rare de microdélétion chromosomique causé par une délétion du chromosome 4p16.3, généralement de novo, caractérisé par un retard de croissance prénatal, des faciès distinctifs en « casque de guerrier grec », une déficience intellectuelle, une hypotonie et des crises d'épilepsie. La mucopolysaccharidose de type I (syndrome de Hurler) est une maladie autosomique récessive de stockage lysosomal causée par un déficit en α-L-iduronidase, entraînant une accumulation de dermatane et d'héparane sulfate, ce qui se traduit par des traits faciaux grossiers, une organomégalie, une dysplasie squelettique et une régression du développement.
Un cas clinique décrit une fillette de 18 mois présentant des caractéristiques à la fois du WHS et du syndrome de Hurler. Elle présentait des traits craniofaciaux dysmorphiques, une fente palatine, un retard de croissance, une hypotonie et des crises d'épilepsie compatibles avec le WHS, et a développé plus tard une déformation progressive de la gibbosité thoracolombaire, une aggravation de l'obstruction des voies respiratoires et un épaississement de la peau suggérant le syndrome de Hurler. L'analyse chromosomique…
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