Introduction
Le concept "Une Seule Santé" (One Health) s'est imposé au fil des années comme une approche globale et intégrée des enjeux sanitaires, reconnaissant l'interconnexion entre la santé humaine, la santé animale et l'environnement. Cette vision holistique est essentielle pour comprendre et lutter contre les menaces sanitaires émergentes, notamment la résistance bactérienne aux antibiotiques.
Genèse et Évolution du Concept "Une Seule Santé"
L'idée d'un rapprochement entre la santé de l'Homme et celle de l'animal a émergé dès 1984 avec l'épidémiologiste américain Calvin Schwab, qui évoquait le concept de « One medicine ». Vingt ans plus tard, la formule « One World, One Health » est apparue aux États-Unis, élargissant la perspective au-delà du lien homme-animal pour inclure l'environnement et ses impacts sur la santé globale.
Les Piliers du Concept "Une Seule Santé"
Le concept "Une Seule Santé" repose sur plusieurs constats fondamentaux :
- L'origine animale des crises sanitaires : De nombreuses épidémies et pandémies ont une origine animale, soulignant la nécessité d'une surveillance et d'une collaboration étroites entre les secteurs de la santé humaine et animale.
- L'absence de réponse des administrations aux alertes des scientifiques : Un décloisonnement administratif est essentiel pour assurer une réponse rapide et efficace aux menaces sanitaires émergentes.
- Les errements du passé : Tirer les leçons des erreurs passées est crucial pour améliorer la préparation et la réponse aux futures crises sanitaires.
- Les recommandations des grands organismes internationaux : L'Organisation Mondiale de la Santé (OMS), l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO), l'Organisation Mondiale de la Santé Animale (OIE) et la Banque Mondiale jouent un rôle essentiel dans la promotion et la mise en œuvre du concept "Une Seule Santé".
La Résistance Bactérienne aux Antibiotiques : Un Enjeu Majeur du Concept "Une Seule Santé"
La résistance bactérienne aux antibiotiques constitue un exemple concret de l'importance de l'approche "Une Seule Santé". Ce phénomène, identifié dès le début de l'utilisation des antibiotiques, a des conséquences délétères directes sur le traitement des infections bactériennes. La diminution du nombre d'antibiotiques efficaces face à des bactéries multirésistantes conduit à une impasse thérapeutique potentielle.
Les Facteurs Clés de la Résistance Bactérienne
Le développement de la résistance bactérienne est influencé par deux facteurs principaux :
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- L'utilisation des antibiotiques : L'utilisation excessive et inappropriée des antibiotiques en médecine humaine et animale exerce une pression de sélection qui favorise l'émergence et la propagation de bactéries résistantes. L'environnement peut également jouer un rôle via les résidus d'antibiotiques provenant des émonctoires et des déchets industriels.
- La dissémination des bactéries résistantes : Les bactéries résistantes se disséminent directement d'individu à individu (transmission croisée) au sein des populations humaines et animales, mais aussi indirectement par l'environnement, notamment via les eaux usées et les résidus de traitement. La dissémination dans l'environnement permet ensuite le retour de ces bactéries vers les microbiotes intestinaux humains et animaux via l'alimentation.
La Dissémination des Bactéries Résistantes dans l'Environnement
D'innombrables études ont mis en évidence la présence de bactéries résistantes aux antibiotiques, d'origine humaine et animale, ou de leurs gènes de résistance, dans divers secteurs de l'environnement :
- Eaux usées en aval des hôpitaux, des agglomérations humaines et des élevages
- Stations d'épuration, voire eau du réseau potable dans certains pays
- Rivières, lacs et océans
- Animaux sauvages vivant dans les milieux anthropisés ou à proximité
Cette dissémination conduit à de véritables « épidémies souterraines » qui ne se révèlent que lorsque ces bactéries provoquent des infections chez l'homme ou l'animal.
Résistance aux antibiotiques et agroécosystèmes
Les bactéries commensales ou pathogènes de l’Homme, parfois résistantes aux antibiotiques, ainsi que des micropolluants, comme les résidus de produits pharmaceutiques, sont quotidiennement rejetés dans l’environnement par l’intermédiaire des systèmes de traitement des eaux usées urbaines ou industrielles et par certaines pratiques agricoles, en particulier l’amendement des sols avec des produits résiduaires organiques (PRO).
Les sols et les milieux aquatiques qui abritent des communautés de microorganismes extrêmement diversifiées et très abondantes (jusqu’à 1010 bactéries par gramme de sol) peuvent constituer un réservoir pour ces bactéries et ces gènes de résistance (et de virulence) et induire un risque de contamination des productions agricoles et donc un risque sanitaire pour l’Homme et les animaux. La production d’antibiotiques par des bactéries ainsi que les mécanismes de résistance à ces antibiotiques sont des mécanismes naturels qui existent dans les sols, ils sont impliqués dans la compétition entre microorganismes. Les sols sont donc un réservoir potentiel de bactéries résistantes aux antibiotiques (BRA) et de gènes de résistance aux antibiotiques (GRA). Ce pool de gènes de résistance des sols est appelé le résistome des sols. Il constitue un réservoir de GRA potentiellement transmissibles aux agents pathogènes de l’Homme et des animaux.
Plusieurs pratiques agricoles peuvent conduire à l’introduction de BRA et de GRA dans les sols :
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- l’amendement des sols avec des produits résiduaires organiques (PRO), qu’ils soient d’origine urbaine (boues issues du traitement des eaux usées, compost d’ordures ménagères …) ou agricole (fumiers, lisiers, digestats …)
- l’irrigation des cultures ou des parcs avec des effluents de station d’épuration des eaux usées (REUSE).
Ces PRO ou ces effluents liquides contiennent de plus des résidus d’antibiotiques (et d’autres produits pharmaceutiques) non dégradés lors des traitements de ces déchets. Ces polluants peuvent induire l’émergence ou la sélection de nouveaux gènes ou mécanismes de résistance dans les sols. L’enrichissement des sols agricoles ou des sols urbains (utilisés pour des activités récréatives) en bactéries résistantes aux antibiotiques et en GRA peut induire des risques pour la santé :
- risque de contamination des productions végétales ou des animaux,
- risque de contamination des ressources en eau (par ruissellement ou par lessivage des sols contaminés).
Le risque de transfert de GRA émergents vers des pathogènes humains par transfert horizontal de gènes (HGT) sera maximum dans des zones où coexistent les gènes de résistance, les pathogènes et les résidus médicamenteux qui constituent la pression de sélection. Pour limiter ces risques ; il est nécessaire d’atténuer la contamination des sols en appliquant des traitements supplémentaires aux PRO ou effluents avant épandage sur les sols (compostage, ozonation, désinfection par les UV ou désinfection thermique). L’exposé visera donc à définir les paramètres qui vont influencer la survie des BRA et la persistance des GRA dans les sols, mais aussi à déterminer l’impact des BRA et des résidus d’antibiotiques sur le résistome des sols, et finalement à définir des moyens d’atténuation de ces risques.
Résistance aux antibiotiques chez les animaux
Les politiques publiques de lutte contre l’antibiorésistance dans le secteur animal au cours des dix dernières années en France (plans Ecoantibio) ont porté leur principal angle d’action sur la meilleure maîtrise de l’usage vétérinaire des antibiotiques. Des résultats très importants ont été obtenus, dont une réduction d’environ 50 % de l’exposition des animaux aux antibiotiques (tous antibiotiques confondus), et d’environ 90 % si l’on ne considère que les antibiotiques dits « d’importance critique » (AIC) pour l’Homme (céphalosporines de 3ème et 4ème générations et fluoroquinolones). Cet objectif de maîtrise de l’usage vétérinaire des antibiotiques s’est appuyé sur des dispositions incitatives mais également réglementaires, contraignant les vétérinaires à la réalisation d’un antibiogramme avant toute prescription d’un AIC et leur interdisant strictement l’emploi d’une longue liste d’autres antibiotiques utilisés en médecine humaine, tels que la vancomycine, le linézolide ou les carbapénèmes.
Plusieurs situations de terrain montrent que la résistance à un antibiotique chez un animal ne résulte pas nécessairement de son exposition au dit antibiotique. Des phénomènes de co-sélection peuvent d’une part être observés, qui relèvent en fait de l’administration d’un autre antibiotique. Mais lorsque les animaux n’ont pas reçu du tout d’antibiothérapie, ce sont davantage des évènements de transmission de bactéries résistantes qui sont à mettre en cause. Des exemples illustrent la détection d’antibiorésistance chez des animaux non directement exposés aux antibiotiques, tant dans le secteur des animaux de production que de celui des animaux de compagnie. Ces éléments montrent qu’en parallèle d’une attention sur la prescription des antibiotiques, un volet également important est de maîtriser les transmissions de bactéries résistantes. Des efforts sur la biosécurité en élevage ont été inclus dans les plans Ecoantibio, mais à l’évidence des marges de progrès subsistent, y compris au-delà des secteurs de production, et qui pourraient être renforcées dans un plan Ecoantibio 3.
Le Cas Particulier de la Mélioïdose
La mélioïdose est une maladie infectieuse tropicale due à la bactérie Burkholderia pseudomallei, présente dans les sols humides et les rizières d'Asie du Sud-Est et d'Australie. Cette bactérie est intrinsèquement résistante à de nombreuses classes d'antibiotiques et possède des propriétés de virulence qui lui permettent de déjouer les défenses immunitaires de l'hôte. L'infection humaine se fait par inhalation ou inoculation et est souvent liée à une exposition professionnelle ou accidentelle sur un terrain prédisposé. La mélioïdose peut se manifester par une infection aiguë bactériémique, des abcès viscéraux ou une infection chronique latente. Sa résistance naturelle et sa virulence ont conduit à la classer parmi les agents potentiels du bioterrorisme.
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Agir pour Préserver l'Efficacité des Antibiotiques
La menace d'une ère post-antibiotique doit être intégrée aux grandes menaces écologiques telles que le réchauffement climatique, la pollution de l'eau et la réduction de la biodiversité. La sauvegarde de l'activité des antibiotiques est donc un enjeu de développement durable.
Pour limiter ces risques, il est nécessaire d’atténuer la contamination des sols en appliquant des traitements supplémentaires aux PRO ou effluents avant épandage sur les sols (compostage, ozonation, désinfection par les UV ou désinfection thermique).
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