Introduction
La grossesse est une période de changements physiologiques importants, rendant la femme plus susceptible aux infections. La flore commensale, un ensemble de micro-organismes bénéfiques présents dans le corps, joue un rôle crucial dans la protection contre les agents pathogènes. Cependant, un déséquilibre de cette flore, ou la colonisation par des bactéries commensales de proximité présentant un risque infectieux, peut entraîner des complications pour la mère et le fœtus. Cet article explore les risques associés à la contamination ou à la colonisation par la flore commensale pendant la grossesse, en mettant l'accent sur la flore vaginale et urinaire, ainsi que les stratégies de prévention et de gestion.
Flore vaginale et grossesse : un équilibre délicat
La flore vaginale est un écosystème complexe dominé par les lactobacilles, également appelés flore de Döderlein. Ces bactéries bénéfiques maintiennent un pH acide qui inhibe la croissance des pathogènes. Cependant, certaines bactéries de la flore vaginale commensale peuvent présenter un risque infectieux pour la femme enceinte et son fœtus.
Bactéries vaginales à haut risque infectieux (BVHRI)
Certaines bactéries, normalement présentes en petit nombre et non visibles au Gram dans une flore vaginale saine, peuvent proliférer et devenir problématiques. Ces BVHRI appartiennent principalement aux groupes II et III de la flore commensale. Les portages les plus fréquents concernent Streptococcus agalactiae (Streptocoque du groupe B) et Escherichia coli. Moins fréquemment, mais avec des complications potentiellement graves, on retrouve Haemophilus spp, Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes et N. meningitidis.
Risques associés aux BVHRI
Ces BVHRI peuvent, par voie ascendante, coloniser la cavité amniotique du nouveau-né suite à l’ouverture prématurée du col ou à la rupture prématurée des membranes. Cette colonisation peut évoluer vers une chorioamniotite, une infection de la membrane amniotique, qui se manifeste par de la fièvre, des contractions utérines et une souffrance fœtale.
Streptococcus agalactiae est particulièrement préoccupant. On estime que 10 à 20 % des femmes enceintes sont porteuses de ce streptocoque, avec un risque de le transmettre à leur fœtus dans environ la moitié des cas. Bien que les conséquences de ce portage soient rares, elles peuvent être graves, avec 1 à 2 % des nouveau-nés susceptibles de développer une infection néonatale, telle qu'une bactériémie ou une méningite. De plus, Streptococcus agalactiae est le seul germe capable d’infecter le nouveau-né indépendamment de la présence de facteurs de risque infectieux.
Lire aussi: Risques de Contamination
Dépistage et prévention du portage de Streptococcus agalactiae
Les recommandations actuelles, basées sur une source ANAES 2001, ne justifient pas le dépistage systématique en fin de grossesse des BVHRI autres que Streptococcus agalactiae. La recherche de Streptococcus agalactiae s’effectue sur prescription explicite du clinicien. Le test consiste à ensemencer par quadrant une GELOSE COLUMBIA AU SANG. L’observation microscopique des colonies après coloration de Gram montre des coques à Gram positif dont le mode de groupement n’est pas toujours caractéristique. Streptococcus agalactiae, comme tous les Streptococcus, est catalase négative. La réponse (présence ou absence de Streptococcus agalactiae) est donnée de façon semi-quantitative : négative, 1+, 2+, 3+, 4+ en fonction du nombre de quadrants sur lesquels une croissance de Streptococcus agalactiae est observée. Cela permet de quantifier le risque de faible (1+) à majeur (4+). Certains de ces milieux sont chromogènes : ils permettent la détection d’activités enzymatiques conférant une coloration caractéristique. Les enzymes recherchées sont l’alpha-glucosidase et l’estérase.
Flore urinaire et grossesse : contamination et infections
L’urine ne doit pas être souillée par la flore commensale de voisinage (digestive et/ou vaginale) qui colonise l’urètre et la région périnéale, ni par la flore des mains du patient. Cette contamination est très fréquente, notamment par les sécrétions vaginales chez la femme.
Méthodes de prélèvement d'urine
Plusieurs méthodes de prélèvement d'urine existent, chacune présentant des avantages et des inconvénients en termes de risque de contamination :
- Collecteur d’urine : Après une désinfection soigneuse du méat urinaire, on place, autour de l’orifice urinaire, une poche plastique stérile adhésive. Dans tous les cas, la poche ne doit pas rester en place plus de 30 minutes. Ce prélèvement est le plus fréquent, mais aussi le plus critiqué.
- Sonde urinaire : Il existe sur la sonde urinaire, une zone dédiée au prélèvement. Après désinfection de cette zone à l’alcool iodé, l’urine est prélevée à l’aide d’une seringue montée d’une aiguille fine.
- Ponction sus-pubienne : Exceptionnellement utilisé, ce geste consiste à prélever l’urine, de manière stérile directement dans la vessie au travers de la paroi abdominale. La qualité bactériologique de ce mode de prélèvement est évidemment excellente, mais il présente l’inconvénient pour le malade d’être inconfortable.
Interprétation des résultats d'ECBU
La bactériurie est un critère majeur pour l’interprétation de l’ECBU. Comme ce n’est pas toujours possible, de nombreux laboratoires utilisent actuellement des tubes contenant un stabilisateur de la croissance bactérienne (comme l’acide borique). Enfin dans certains services et aussitôt après le prélèvement, le personnel soignant plonge dans l’urine une lame utilisée pour le dénombrement (voir technique de la lame immergée). Il est indispensable d’homogénéiser les urines avant de les observer. Attention : un patient porteur d’une sonde à demeure montrera quasi constamment une leucocyturie. Ce paramètre n’a donc pas de valeur chez ces patients.
- Hématurie : Une hématurie > 104/mL est anormale. Les hématies intactes ont une forte probabilité de provenir de la vessie ou de l’urètre.
- Cellules épithéliales : Des cellules épithéliales peuvent être retrouvées en petite quantité dans l’urine : elles proviennent du renouvellement normal de l’épithélium urinaire de surface (exfoliation). Suite à une pathologie cette exfoliation peut être accentuée et le type de cellules observé pourrait, en théorie, permettre de déterminer si l’infection urinaire est haute ou basse. On les appelle aussi cellules urothéliales (Fig.9) ou encore cellules de transition : leur forme change légèrement selon le lieu. Par exemple la cellule typique de la vessie est ronde avec un noyau rond au centre.
- Cylindres : Dans une première étape se forme donc un moule protéique, les protéines étant précipitées lorsque l’acidité et la concentration de l’urine atteignent des valeurs suffisantes. C’est au niveau du tubule distal et du tube collecteur que l’urine se concentre et s’acidifie suffisamment pour permettre la formation des cylindres. La présence de quelques cylindres hyalins dans une urine n’a pas une grande signification. On peut l’observer chez des individus normaux lorsque l’urine est très concentrée ou très acide, ou encore après un effort musculaire très intense.
- Cristaux : Les résultats de la cristallurie varient considérablement en fonction du mode de conservation de l’urine : la réfrigération du prélèvement (mais aussi le pH urinaire) augmentent considérablement la fréquence, le nombre et la taille des cristaux. Le prélèvement idéal est une urine fraîchement émise et conservée à 37°C. L’étude qualitative et semi-quantitative des cristaux est effectuée en observant un état frais de l’urine homogénéisée au grossissement X400. La plupart des cristaux faits de substances normalement présentes dans l’urine n’ont pas de valeur diagnostique. C’est le cas des cristaux d’oxalate de calcium, de phosphate de calcium, de sulfate de calcium, d’acide urique et urates, de leucine, de tyrosine, de médicaments, de cholestérol. Seule la présence en abondance et à plusieurs examens de cristaux de même nature est en faveur d’une lithiase rénale en formation. La présence de cristaux de phosphates ammoniaco-magnésien (encore appelés struvite ou phosphates triples), est un indice d’infection urinaire à germes ammoniogènes (germes uréase + et donc producteur de NH3) comme Proteus, Klebsiella, Corynebacterium urealyticum, Ureaplasma urealyticum etc. On les retrouve dans les urines alcalines. Les cristaux de cystine sont présents chez des patients atteints de cystinurie : maladie génétique responsable de troubles de la réabsorption des acides aminés dibasiques (lysine, arginine, ornithine, cystine).
- Recherche de germes : La recherche de germes à l’examen microscopique se fait simultanément à la détermination de la leucocyturie en cellule de dénombrement. Une estimation de la bactériurie est alors possible mais le résultat, très approximatif, ne permet pas de différencier les bactéries mortes des bactéries vivantes. Les automates de cytologie urinaire estime également la bactériurie mais sans différencier les bactéries mortes des bactéries vivantes. Elle manque de sensibilité et pour les urines présentant une faible bactériurie (≤ 104 UFC/mL), il est nécessaire d’observer le culot de centrifugation. Cette coloration que ce soit sur l’urine non centrifugée ou sur le culot de centrifugation, est peu pratiquée pour repérer des germes cultivant mal sur les milieux ordinaires (streptocoques, corynébactéries). En absence de germes alors que la leucocyturie est supérieure à 104/mL et dans des contextes bien particuliers, il faut rechercher des mycobactéries. Pour cela, un frottis préparé à partir du culot de centrifugation des urines est coloré par une méthode révélant l’acido-alcoolo résistance de ces bactéries : coloration de Ziehl Neelsen, coloration à l’auramine). En présence de BAAR, il faut procéder à une décontamination des urines et ensemencer des milieux spécifiques : MGIT, Loewenstein Jensen et Colestos.
Dénombrement des germes urinaires (DGU)
Le dénombrement des germes urinaires (= DGU) est un critère fiable pour le diagnostic de l’infection si toutes les précautions ont été prises lors du recueil des urines, leur transport et leur conservation. On incorpore 1 mL de chaque dilution, en boîte de Petri, à 20 mL de gélose nutritive fondue et refroidie à 45 - 50 °C. Après 24 h d’incubation à 37 °C, on compte les « unités formant colonies » (UFC) dans la boîte qui en contient entre 30 et 300. Cette méthode longue et délicate ne peut être appliquée aux séries, donc à la routine. Elle présente cependant comme inconvénient de ne pas permettre d’obtenir des colonies isolées avec les urines fortement infectées. C’est la méthode la plus prisée actuellement. La plupart des infections urinaires sont monomicrobiennes et dues à des entérobactéries donc à des bactéries non exigeantes. Malgré un prix élevé, on les préfère aux milieux classiques (BCP, CLED). Parfois des bactéries (surtout en milieu hospitalier) n’ont pas les caractères enzymatiques attendus ou en ont acquis d’autres. Ces quelques exemples montrent l’importance de rester vigilant et de confronter les résultats de l’antibiogramme avec l’identification. On ajoutera une gélose Sabouraud ou un milieu chromogène adapté en cas de présence de levures à l’examen direct.
Lire aussi: Complications de l'Herpès Néonatal
Interprétation des seuils de bactériurie
Dans une urine de milieu de jet recueillie en évitant toute contamination est le reflet de la concentration bactérienne dans l’urine vésicale. Selon les recommandations de « l’european guidelines for urine analysis » les microorganismes sont classés en 4 groupes selon leur pouvoir uropathogène. Chez un sujet présentant les symptômes d’une cystite et une leucocyturie ≥ 105 leucocyte/mL, les seuils de bactériurie permettant de conclure à une infection urinaire dépendent du groupe d’uropathogénicité.
- Groupe 1 : Escherichia coli, Staphylococcus saprophyticus. Ces bactéries sont reconnues responsables d’infections urinaires même en faible quantité (à partir de 103 UFC/mL).
- Groupe 2 : Les autres entérobactéries (Klebsiella spp, Proteus spp, Enterobacter spp, Citrobacter spp, Morganella morganii, Providencia stuartii…), Enterococcus spp, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Corynebacterium urealyticum, et Haemophilus spp (rare) et Streptococcus pneumoniae (rare).
- Groupe 3 : Streptococcus agalactiae, Aerococcus urinae, les staphylocoques à coagulase négative (autres que S. saprophyticus). Acinetobacter baumanii, Stenotrophomonas maltophilia, Burkholderia cepacia, autres Pseudomonadaceae et Candida spp. Pour ces germes, plusieurs critères doivent être réunis pour les impliquer dans une infection urinaire. Isoler des staphylocoques à coagulase négative (autres que S. saprophyticus) dans une urine est souvent le fait d’une contamination ou d’une simple colonisation plutôt que d’une réelle infection.
- Groupe 4 : Streptocoques alpha hémolytiques, Lactobacillus spp, Gardnerella vaginalis et bacilles corynéformes (autres que C. urealyticum et C. seminale). Souvent un deuxième ECBU permettra de trancher. La présence de symptômes permet de distinguer une infection urinaire d’une colonisation.
Rôle de la flore commensale et stratégies de rééquilibrage
La flore commensale est un ensemble complexe de micro-organismes, se situant sur la peau (flore cutanée) et les muqueuses, qui a pour but de protéger et d'assurer le bon fonctionnement de chacun des organes. Elle apporte des nutriments et des vitamines indispensables pour l'organisme, joue un rôle immunitaire majeur et constitue une barrière contre les agents pathogènes et le développement de certains cancers ou maladies neurodégénératives. Elle aide à la digestion, notamment à la transformation des résidus des aliments et à l'assimilation de certains nutriments, limite les mauvaises bactéries et favorise la protection du système immunitaire.
Stratégies de rééquilibrage de la flore intime
La naturopathie propose des approches pour rééquilibrer la flore intime naturellement dans une perspective préventive.
- Alimentation : Il est conseillé de réduire fortement la consommation d’aliments et de boissons sucrées (mêmes les fruits) et de réduire les aliments contenant des amidons (farines donc pain / pâtes, céréales, pommes de terre…). En effet, le candida albicans, champignon responsable des mycoses, raffole de sucre. Par ailleurs, trop de laitages et de céréales engendrent des pertes blanches, nommées leucorrhées.
- Ail : Consommer de l’ail cru râpé chaque jour car il est anti-fongique et anti-bactérien.
- Gestion du stress : Trouver une méthode de relaxation à pratiquer régulièrement.
- Huiles essentielles : Utiliser en application locale externe, 1 goutte de tea tree (arbre à thé) + si vous avez, 1 goutte de thym à linalol dans 1 cc d’huile de coco, le tout bien mélanger.
- Propolis verte : La propolis verte a de multiples vertus. Elle est anti-virale, anti-bactérienne et aussi anti-fongique. Elle est à prendre en cure de 3 semaines en interne (par voie orale), selon les recommandations indiquées par le fabricant.
- Probiotiques et levures probiotiques : Les probiotiques et les levures probiotiques, telles la souche Saccharomyces boulardii, rééquilibrent la flore intime naturellement.
Hygiène intime
La flore vaginale est auto-nettoyante, ainsi les douches vaginales à l’eau seule ou avec des produits sont à exclure. Il est conseillé de se laver à l’eau ou avec un produit dont le pH est compris entre 4 et 5 (bio, sans parfum, sans perturbateurs endocriniens…), et sans utiliser de gant. Une fois par jour suffit ! Le vagin a une odeur, et c’est tout à fait normal ; ce n’est pas une zone « sale ». Il s’agit par contre de distinguer l’odeur normale d’une odeur malodorante. Dans tous les cas, aucune raison de parfumer cette zone. Bien sûr si vous avez un doute, il faut consulter votre médecin.
Lire aussi: Prévention de la vaginose bactérienne
tags: #contamination #ou #colonisation #par #la #flore