Les infections à staphylocoque sont responsables d’un grand nombre d’affections de nature différente, allant d’affections cutanées peu virulentes à des infections potentiellement mortelles. Parmi les différentes espèces de staphylocoques, Staphylococcus saprophyticus est une cause fréquente d'infections urinaires, en particulier chez les jeunes femmes sexuellement actives. Cet article vise à fournir une vue d'ensemble complète de Staphylococcus saprophyticus, de son rôle dans les infections urinaires, de son diagnostic et de son traitement.
Les Staphylocoques : Généralités
Les staphylocoques sont des bactéries de type Cocci Gram positif que l'on peut retrouver dans des endroits diversifiés tels que l’eau, l’air, les aliments, et sur n’importe quelles surfaces et objets. Mais le staphylocoque prospère et se développe sur la peau et la muqueuse. L’Homme est le principal réservoir du staphylocoque. Le genre Staphylococcus regroupe 44 espèces et sous-espèces.
On distingue principalement :
- Le staphylocoque doré (ou Staphylococcus aureus) : Il produit les enzymes de la catalase et de la coagulase. Cette dernière est pathogène. Le staphylocoque doré affecte 30 % des personnes en bonne santé et est le germe le plus fréquemment impliqué dans les infections nosocomiales. La peau et les muqueuses sont colonisées par adhésion du staphylocoque doré aux cellules par l’intermédiaire de ses protéines de surface.
- Le staphylocoque blanc : Ce staphylocoque produit l’enzyme de la catalase mais contrairement au staphylocoque doré, il ne produit pas l’enzyme coagulase : il n’est donc habituellement pas pathogène.
- Staphylococcus saprophyticus : Il est quant à lui la principale cause d’infection urinaire (cystite) chez la femme sexuellement active (derrière E. coli).
Staphylococcus saprophyticus : Caractéristiques et Épidémiologie
Staphylococcus saprophyticus, décrit par Fairbrother en 1940, est une bactérie pathogène, responsable d’infections urinaires chez la femme jeune non hospitalisée. Connu comme responsable d’infection urinaire dès 1962, il a surtout été étudié dans les pays du Nord de l’Europe en particulier par les Suédois (années 1975-90), puis plus tard, au Canada, en Angleterre, aux Etats Unis d’Amérique.
Des études d’hybridation ADN-ADN ont permis de définir en 1990 différents groupes dont le groupe S. saprophyticus comprenant 3 espèces et leurs sous-espèces (S. saprophyticus subsp. saprophyticus et S. saprophyticus subsp. bovis ; S. cohnii subsp. cohnii et S. cohnii subsp. urealyticus ; S. xylosus). Saphylococcus succinus nouvelle espèce isolée d’ambre est reliée à ces espèces, ainsi que S. gallinarum. Staphylococcus hominis subsp. novobiosepticus et S. fleurettii sont récemment décrites.
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En dehors des urines où il est d’ailleurs rarement contaminant, S. saprophyticus a été isolé dans 1 à 2 % de chacun des sites suivants (avec une légère prédominance chez la femme) : flore digestive, rectale, périnéale, péri-urétrale, urétrale, vaginale, et exceptionnellement de la peau. En 1986, Ringertz et al. à Stockholm ont recherché chez près de 1000 consultants pour maladies sexuellement transmissibles la prévalence du portage. Les résultats furent (H/F) : urètre 4,2 / 2,5 %; rectum 2,6 /2,5 %; col utérin, 1,6 %. La variation saisonnière était très nette, le maximum de portage étant observé en été et au début de l’automne : rectal 6,7 % (H et F) et urétral 10,6 % (H) et 7,4 % (F). Les auteurs concluaient que la présence de Staphylococcus saprophyticus dans le tube digestif évoquait la possibilité d’une contamination alimentaire.
Reuther et Noble en 1993 ont analysé 10 000 souches de staphylocoques résistants à la novobiocine isolées de pieds. Les souches en grande quantité (>105 ufc/cm2) étaient surtout S. cohnii (dominant chez les hommes) et S. Hedman et al. ont en 1993 écouvillonné le rectum d’animaux à l’abattoir. Les prélèvement ont été positifs avec S. saprophyticus pour 7,1 % des bœufs et 7,3 % des porcs. Les vaches au pâturage étaient positives dans 1,6 % des cas ; en stabulation, le taux de positivité passait à 12,4 %. L’animal est donc un réservoir de S. saprophyticus. Ces auteurs en 1990, ont testé à Stockholm sur une période d’un an, plus de 1300 échantillons alimentaires variés recueillis dans des restaurants, alimentation collective et une usine de conditionnement de viande crue, de bœuf et de porc. S. saprophyticus a été retrouvé dans 16,4 % des contrôles et dans 34 % des échantillons de bœuf et de porc crus. Les gants du personnel étaient colonisés par cette espèce dans 69 % des cas. S. Les conditionnements froids sont contaminés par les aliments stockés.
La prévalence des infections urinaires à S. saprophyticus varie selon les études de 1 % à plus de 42 %. Les infections urinaires surviennent chez la femme jeune (15-25 ans), non hospitalisée, enceinte ou non; plus rarement chez le jeune homme ou le vieillard. En milieu hospitalier, les chiffres sont de 0,07 à 0,5 % des infections urinaires.
Facteurs de Risque
Plusieurs facteurs de risque ont été identifiés pour les infections urinaires à S. saprophyticus, notamment :
- L’activité sexuelle : Les femmes sexuellement actives sont plus susceptibles de développer une infection urinaire à S. saprophyticus. La fréquence des rapports, la première cystite avant 15 ans, un nouveau partenaire et l'utilisation de spermicides sont des facteurs de risque identifiés.
- La grossesse : La grossesse est un facteur favorisant les infections urinaires à S. saprophyticus.
- Le port d’un dispositif intra-utérin.
- Le diabète.
- Troubles acquis de la miction (hyposensibilité vésicale ou défaut de relaxation du sphincter strié urétral ou des muscles du plancher pelvien).
Pathogénie
La faculté d’adhérer aux cellules uroépithéliales de cette bactérie joue un grand rôle dans sa pathogénicité. Cette bactérie adhère aux cellules épithéliales par l’intermédiaire de protéines, adhésines de surface : Surface associated protein (Ssp), qui est une protéine fibrillaire de 95 KDa ; une protéine de 160 KDa qui correspond à l’hémaglutinine ; une autolysine/adhésine appartenant à une nouvelle classe d’adhésines (AaS) qui se lie à la fibronectine et aux érythrocytes. Les souches de S. saprophyticus possèdent des structures appendiculaires de surface (fimbriae-like) de longueur et d’épaisseur différente. Les plus longs adhèrent de façon réversible à la cellule (augmentation de l’hydrophobicité, neutralisation de la barrière des charges électro-négatives), permettant in fine l’action des adhésines proprement dites qui sont portées par les fimbriae courts et épais. L’acide lipotéichoïque joue un rôle dans son adhérence aux cellules uroépithéliales. Mais n’a pas d’influence sur la mobilité des spermatozoïdes (à la différence d’E. coli, P. aeruginosa ou C. albicans).
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Une des caractéristiques des infections à S. saprophyticus est qu’elles se compliquent de lithiase de l’appareil urinaire avec ou non hydronéphrose. La production d’une uréase explique la formation des calculs : la libération d’urée augmente le pH de l’urine (pH 6-8) et la formation de cristaux de phosphates ammoniaco-magnésiens. Ce processus est le même dans les infections urinaires à Proteus.
Manifestations cliniques
La symptomatologie clinique des infections urinaires à S. saprophyticus ressemble à celle d’une infection à E. coli, cystite simple avec dysurie, ou cystite hémorragique. Les symptômes cliniques ressemblent à ceux d’une infection à E. coli, cystite simple avec dysurie, ou cystite hémorragique.
Les infections urinaires asymptomatiques affectent 1,2 % des adolescentes, et 5 % des femmes sexuellement actives. En cas de cystite récidivante, il est conseillé d’accepter des numérations >102 ufc/ml, car cette bactérie adhère aux cellules uro-épithéliales.
Diagnostic
Le diagnostic d’une infection urinaire à S. saprophyticus repose sur :
- L’examen clinique : Il est essentiel pour évaluer les symptômes et rechercher des facteurs de risque de complication.
- L’examen cytobactériologique des urines (ECBU) : Il permet de confirmer la présence d’une infection urinaire et d’identifier la bactérie en cause. Un seuil de bactériurie significative chez la femme est de 104 UFC/ml, sauf pour E. coli et S. saprophyticus où le seuil est de 103 UFC/ml.
- Test d'orientation rapide (bandelette urinaire): La bandelette détectant les nitrites sont toujours négatives, car S. saprophyticus n’a pas de nitrate réductase. La valeur statistique de la BU a été largement dévoyée tant son utilisation est simple. Néanmoins, elle présente de trop nombreuses failles pour être utilisée comme un outil indispensable à toute prise en charge d’infection urinaire. Elle a par ailleurs la même valeur diagnostique quel que soit le sexe. Le message simple à retenir est que la clinique prime toujours sur les examens complémentaires. Une BU négative en cas de clinique typique d’infection urinaire ne doit pas faire écarter le diagnostic.
Le diagnostic bactériologique est simple en 24/48h dans le cadre, le plus souvent d'une infection urinaire aiguë de la jeune femme.
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Identification bactériologique
L'identification de S. saprophyticus implique plusieurs étapes :
- Examen direct : Ce sont des diplocoques et amas de cocci à Gram positif et catalase positive. A l’inverse des “ microcoques ”, les staphylocoques sont oxydase négative (sauf S. sciuri, S. lentus, S. vitulinus et S.
- Culture : La culture pour isolement ne pose guère de problèmes en raison de l'absence d'exigences de culture particulières. La gélose trypticase ou columbia au sang (mouton ou cheval) convient bien pour sa croissance en 24 h à 37°C en atmosphère ambiante : les colonies sont non hémolytiques, de 3 à 9 mm de diamètre, circulaires, à bords réguliers, très brillantes, opaques, crémeuses, convexes, non pigmentées ou pigmentées en jaune orange.
- Tests biochimiques : Des tests biochimiques complémentaires sont utiles pour distinguer S. saprophyticus des autres souches résistantes à la novobiocine, en particulier S. cohnii et S. xylosus (surtout si le site d’isolement n’est pas une urine). S. saprophyticus acidifie le tréhalose, le mannitol et le turanose et n’acidifie pas le mannose et l’arabinose. En pratique vétérinaire, il faut penser aux autres espèces résistantes à la novobiocine, S. kloosii, S. sciuri, S. lentus et, en particulier, à S.
- Résistance à la novobiocine : S. saprophyticus a été la première espèce de staphylocoque décrite ayant une résistance naturelle à cet antibiotique. La résistance à la novobiocine est réalisée par inhibition de croissance autour d’un disque chargé de 5 µg de novobiocine.
- Galeries biochimiques miniaturisées : Quelques galeries biochimiques miniaturisées utilisées en France sont : API Staph, ID 32 Staph, Cartes Vitek GPI, et Vitek 2 ID-GPC.
- PCR spécifique : Une PCR spécifique existe pour S. saprophyticus, utilisable directement sur l’urine infectée.
Diagnostic différentiel
Il est important de différencier une infection à S. saprophyticus d'autres causes d'infections urinaires, telles que :
- Escherichia coli : C'est la bactérie la plus fréquemment isolée dans les infections urinaires communautaires.
- Autres espèces de staphylocoques : Certaines espèces de staphylocoques coagulase-négative peuvent également causer des infections urinaires, mais sont moins fréquentes que S. saprophyticus.
- Infections à Candida: Les infections urinaires à Candida sont plus fréquentes chez les patients immunodéprimés ou porteurs de cathéters urinaires.
Traitement des Infections Urinaires à Staphylococcus saprophyticus
Le traitement des infections urinaires à S. saprophyticus repose sur l’antibiothérapie. Il est important de tenir compte de la résistance naturelle de cette bactérie à certains antibiotiques.
Antibiotiques
S. saprophyticus est naturellement résistant à plusieurs antibiotiques pouvant être utilisés en routine: novobiocine (NOV), fosfomycine (FOS), mais sensible aux furanes (FT).
- Antibiothérapie de première intention :
- Fosfomycine-trométamol (Monuril®) en dose unique : Il présente les avantages d’une observance idéale (traitement monodose), d’une résistance très rare. La résistance à la fosfomycine explique les échecs cliniques de fosfomycine-trométamol dans le traitement rapide des infections urinaires à S. saprophyticus.
- Nitrofurantoïne (cinq jours)
- Fluoroquinolones (trois jours) : S. saprophyticus présente également une sensibilité diminuée aux fluoroquinolones.
- Autres antibiotiques :
- Sulfaméthoxazole-triméthoprime.
- Ciprofloxacine.
- Les staphylocoques dorés sont sensibles à la pénicilline M (méticilline, oxacilline). Ils peuvent aussi réagir aux aminoglycosides, aux fluoroquinolones, aux synergistines et aux macrolides.
Si le staphylocoque est résistant à la méticliline, l’antibiogramme aidera le médecin à sélectionner un autre antibiotique. Le E-test permet de confirmer la sensibilité à la pénicilline G de nombreuses souches.
Durée du traitement
La durée du traitement antibiotique dépend de la gravité de l’infection et de l’antibiotique utilisé. Pour une cystite aiguë simple, un traitement court de 3 à 7 jours est généralement suffisant. Pour une pyélonéphrite aiguë, un traitement plus long de 7 à 14 jours peut être nécessaire.
Mesures associées
En plus de l’antibiothérapie, certaines mesures peuvent aider à soulager les symptômes et à prévenir les récidives :
- Boire beaucoup d’eau (cure de diurèse) : La prévention des récidives repose sur la cure de diurèse (volume urinaire > 1,5 litre par jour).
- Éviter les irritants vésicaux, tels que la caféine et l’alcool.
- Adopter une bonne hygiène périnéale.
- Uriliser la canneberge (cranberry), mais avec un faible niveau de preuve.
- Arrêter l'utilisation éventuelle de spermicides.
- Le maniement et l'interprétation des bandelettes urinaires réactives doivent être appris aux patientes.
Prévention des Infections Urinaires à Staphylococcus saprophyticus
La prévention des infections urinaires à S. saprophyticus repose sur :
- L’adoption d’une bonne hygiène périnéale : Se laver les mains avant et après être allé aux toilettes, et s’essuyer de l’avant vers l’arrière après être allé à la selle.
- L’hydratation adéquate : Boire suffisamment d’eau pour favoriser la miction et éliminer les bactéries de la vessie.
- La miction après les rapports sexuels : Uriner après les rapports sexuels peut aider à éliminer les bactéries qui pourraient être entrées dans l’urètre.
- L’éviction des spermicides : Les spermicides peuvent perturber la flore vaginale et augmenter le risque d’infection urinaire.
- La correction des troubles mictionnels : Le catalogue mictionnel, outil indispensable dans la prise en charge étiologique des IU, permet de dépister des troubles acquis de la miction et de proposer une reprogrammation mictionnelle dans le cadre d’un défaut de diurèse ou d’une hyposensibilité vésicale. Il permet par ailleurs d’écarter les diagnostics différentiels fréquents comme l’hyperactivité vésicale idiopathique.
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