Cet article détaille les droits des fonctionnaires en matière de congé de maladie, de congé de maternité et de travail à temps partiel, en mettant l'accent sur les taux de rémunération et les conditions d'application.
Congé de maladie : différents types et droits
Lorsqu’un fonctionnaire est dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions en raison d’une maladie ou d’un accident, il a droit à différents types de congés de maladie, chacun ayant ses propres règles et conditions :
- Congé de Maladie Ordinaire (CMO) : Accordé lorsque l’agent est en incapacité d’exercer ses fonctions pour une durée maximale d’une année.
- Congé de Longue Maladie (CLM) : Accordé lorsque le fonctionnaire ne peut assurer ses fonctions et doit cesser son activité en cas de maladie. La durée du CLM est de 3 ans maximum, accordée ou renouvelée par périodes de 3 à 6 mois. Il peut être accordé de manière fractionnée pour permettre le traitement médical périodique de certaines pathologies.
- Congé de Longue Durée (CLD) : D’une durée maximale de 5 ans, il est accordé aux fonctionnaires titulaires et stagiaires atteints de certaines maladies graves telles que la tuberculose, une maladie mentale, une affection cancéreuse, la poliomyélite ou un déficit immunitaire grave et acquis.
- Congé pour Invalidité Imputable au service (CITIS) : Délivré lorsque le fonctionnaire territorial est victime d’un accident de travail, de trajet ou d’une maladie professionnelle. Le CITIS se termine lorsque l’agent est capable de reprendre ses fonctions ou jusqu’à sa retraite.
Pour bénéficier d’un congé de maladie, le fonctionnaire doit fournir un certificat d’arrêt de travail à son administration dans les 48 heures. La demande d’un Congé Longue Maladie ou Longue durée se fait à l’administration de l’agent avec un certificat médical.
Rémunération pendant le congé de maladie
La rémunération pendant le congé de maladie varie selon le type de congé :
- Congé de Maladie Ordinaire (CMO) : Dans la Fonction Publique, la rémunération est à 90% pendant 3 mois, puis 50% pendant 9 mois. Cette réduction de rémunération concerne le traitement indiciaire brut, les primes et les indemnités. Depuis le 1er mars 2025, les jours d’arrêt maladie ordinaire qui étaient rémunérés à plein traitement sont passés à 90%.
- Congé de Longue Maladie (CLM) : Pendant le CLM, il est possible de rester à plein traitement au-delà de trois mois, contrairement au congé maladie ordinaire.
- Congé de Longue Durée (CLD) : Le congé peut durer jusqu’à 5 ans, pendant lesquels le fonctionnaire est rémunéré. Quand la reprise de service n’est pas possible après 1 an passé en CLM, il est possible d’opter pour un CLD pour conserver le plein traitement.
Il existe un jour de carence pour le congé maladie ordinaire, qu’il soit titulaire ou contractuel. À ce titre, sa rémunération reprend dès le second jour de son arrêt de travail. Les agents publics (fonctionnaires et contractuels) ne bénéficient du maintien de leur traitement ou de leur rémunération qu’à partir du 2e jour d’arrêt de travail. Le 1er jour de congé de maladie, appelé jour de carence, n’est pas rémunéré.
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Reprise après un congé de maladie
L’agent territorial arrive en fin de droits au Congé Maladie ; il ne pourra reprendre ses fonctions à la fin de son congé maladie que sur avis favorable du comité médical. Il a alors l’assurance de retrouver son poste ou équivalent ou de bénéficier d’une adaptation de son poste au besoin. S’il refuse en dépit d’un avis favorable, il peut être licencié. Un avis défavorable ?
Que vous soyez en CLM ou en CMO, quand vous vous sentirez prêt-e à reprendre, vous demanderez en même temps votre reprise d’activité et éventuellement un temps partiel thérapeutique. Vous ne pouvez reprendre vos fonctions que si vous êtes reconnu-e apte, après examen par un médecin agréé et avis favorable du Conseil Médical*. Si vous êtes reconnu-e apte à exercer vos fonctions, vous êtes réintégré-e, avec éventuellement des aménagements des conditions de travail. Le Conseil Médical se prononce ensuite tous les 3 à 6 mois sur le maintien ou la modification de ces aménagements.
Si vous êtes reconnu-e apte à exercer vos fonctions, vous être réintégré-e, si nécessaire en surnombre puis affecté-e à la 1re vacance d’emploi correspondant à votre grade, avec éventuellement des aménagements des conditions de travail. Le conseil médical se prononce ensuite tous les 3 à 6 mois sur le maintien ou la modification de ces aménagements.
Temps partiel pour les fonctionnaires
Un fonctionnaire peut exercer ses fonctions à temps partiel, ce qui peut correspondre à 50 %, 60 %, 70 %, 80 % ou encore 90 % du temps plein (c’est-à-dire 100 %), mais ne peut pas descendre en dessous de 50 % (mi-temps). Le décret n° 2024-1263 du 30 décembre 2024 vient supprimer la condition d'ancienneté pour les fonctionnaires et contractuels.
Motifs d'attribution du temps partiel
Différents motifs permettent d’accorder un temps partiel au fonctionnaire qui le demande. C’est le cas à l’occasion d’une naissance ou de l’adoption d’un enfant. Le temps partiel est alors de droit : il ne peut pas être refusé par l’employeur.
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L’agent peut demander à travailler à temps partiel pour donner des soins à un proche atteint d'un handicap nécessitant la présence d'une tierce personne ou victime d'un accident ou d'une maladie grave. La personne nécessitant sa présence doit être son époux, son partenaire de Pacte civil de solidarité, un enfant à charge ou un ascendant (parent, grand-parent, arrière-grand-parent…).
En dehors des motifs qui accordent le temps partiel de droit et que l’employeur ne peut pas refuser, l’agent peut négocier avec son employeur une réduction de son temps de travail, par exemple pour des raisons personnelles.
Organisation du temps partiel
Le temps partiel permet de travailler à 50 %, 60 %, 70 %, ou 80 % du temps plein. Il peut être organisé :
- Soit dans un cadre quotidien : la durée de travail est alors réduite chaque jour ;
- Soit dans un cadre hebdomadaire : le nombre de jours travaillés par semaine est réduit ;
- Soit dans le cadre du cycle de travail, en prenant en compte une période de référence qui peut porter sur une ou plusieurs semaines, dès lors que la durée des cycles est identique. Le temps partiel se traduit alors par une réduction du nombre de jour(s) de travail sur le cycle : par exemple 4 jours de travail pour une personnes à 80 % sur un cycle hebdomadaire ou 3 jours pour une personne à 60 %.
Rémunération à temps partiel
Le montant de tous les éléments de la rémunération (traitement indiciaire, supplément familial de traitement [SFT], indemnité de résidence et nouvelle bonification indiciaire) est proratisé à hauteur de :
- 50 % si l’agent passe à 50 % ;
- 60 % si l’agent passe à 60 % ;
- 70 % si l’agent passe à 70 % ;
- 6/7e, soit environ 85,7 %, si l’agent passe à 80 %.
S’agissant du SFT, celui-ci est proratisé, mais sans pouvoir être inférieur au montant minimum perçu par un agent à temps complet ayant le même nombre d’enfants. L’agent en arrêt maladie voit son indemnisation calculée sur la base de son traitement à temps partiel aussi longtemps qu’il demeure à temps partiel.
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Durée du temps partiel
L'autorisation de travail à temps partiel est accordée pour une période comprise entre 6 mois et 1 an, renouvelable pour la même durée, par tacite reconduction, dans la limite de 3 ans.
Conséquences sur la carrière et la retraite
La période à temps partiel est considérée comme une période à temps plein pour l’avancement et les droits à congés. S’agissant des congés annuels, ceux-ci sont calculés en fonction des obligations de service, soit 5 fois les obligations hebdomadaires.
Le temps partiel est automatiquement suspendu pendant un congé de maternité ou d'adoption ou un congé de paternité. Le temps partiel est suspendu pendant une formation, si celle-ci est incompatible avec un temps partiel. L’agent est alors rétabli à temps plein.
Le temps partiel est assimilé à un temps plein pour le calcul du nombre de trimestres. En revanche, ces périodes sont prises en compte pour leur durée réelle pour le calcul du montant de la pension. Ainsi, 5 ans à 80 % comptent par exemple pour 5 ans pour le calcul de la durée d'assurance mais seulement pour 4 ans pour le calcul de la pension. L’agent peut toutefois surcotiser, c'est-à-dire cotiser à la retraite de base sur la base de de son traitement indiciaire à temps plein, dans la limite de 4 trimestres supplémentaires pour le calcul de la cotisation.
Formalités à remplir
L’agent doit faire sa demande de temps partiel par écrit dès lors que les conditions sont remplies, notamment, par exemple, par la production d’un certificat médical. Il importe d’y préciser la date à laquelle il souhaite passer à temps partiel, ainsi que la durée pour laquelle le temps partiel est demandé. Si aucun texte ne précise le délai dans lequel la demande doit être présentée, il convient de prévoir un délai raisonnable afin de permettre à l’employeur d’éventuellement pourvoir au remplacement de l’agent et de se renseigner auprès de l’employeur sur les pièces à fournir à l’appui de la demande.
Réintégration à temps plein
L’agent est automatiquement réadmis à temps plein sur son emploi ou, en cas d’impossibilité, sur un autre emploi conforme à son statut. Il peut demander sa réintégration à temps plein avant la fin de la période de temps partiel en cours, au moyen d’une demande formulée au moins 2 mois avant la date souhaitée. Toutefois, en cas de motif grave, par exemple de changement dans la situation familiale, la réintégration à temps plein peut intervenir sans délai.
Spécificités pour les agents de l'Éducation Nationale
Pour le personnel enseignant, le personnel d'éducation et de documentation, ainsi que le personnel d'orientation, l'autorisation de travail à temps partiel ne peut être donnée que pour une année scolaire. Cette autorisation est renouvelable pour la même durée, par tacite reconduction, dans la limite de 3 années scolaires. La période de temps partiel débute au 1er septembre. Toutefois, l'autorisation de travail à temps partiel peut être accordée en cours d'année scolaire lors de la survenance du handicap, de l'accident ou de la maladie. Sauf cas d'urgence, la demande de temps partiel doit être faite au moins 2 mois avant la date de début souhaitée.
Si l’agent exerce dans un établissement du 2nd degré, la durée de service à temps partiel est aménagée de façon à obtenir un nombre entier d'heures hebdomadaires correspondant à la quotité de travail à temps partiel. Si l’agent est enseignant dans une école du 1er degré, la durée de service à temps partiel est aménagée de façon à obtenir un nombre entier de demi-journées hebdomadaires correspondant à la quotité de travail à temps partiel. Il effectue un service réduit d'au moins 2 demi-journées par rapport à un temps complet.
L’agent peut demander à modifier ses conditions de travail à temps partiel avant la fin de la période en cours. Il doit en faire la demande au moins 2 mois avant la date de modification souhaitée.
Les agents de l'Éducation Nationale relevant d'un régime d'obligations de service, et dont la durée de travail à temps partiel dépasse 80 %, perçoivent un pourcentage de rémunération calculé selon la formule : (Quotité de temps partiel x 4/7) + 40. Il est retenu un pourcentage, avec un chiffre après la virgule.
Temps Partiel Thérapeutique (TPT)
Le temps partiel thérapeutique est une disposition qui permet de réduire son temps de travail lorsque l’état de santé le justifie, en conservant la totalité de son traitement indiciaire. Sont concernées les personnes pour qui le temps partiel permet le maintien ou le retour à l'emploi et est reconnu comme pouvant favoriser l'amélioration de l’état de santé.
En temps partiel thérapeutique, vous serez payée à plein traitement. La durée est de un an, rechargeable après un an en position d’activité. De plus, alors que le TPT, pour une même pathologie, n’était attribué qu’une seule fois durant la carrière, il est désormais possible de reconstituer ce droit après un délai d’un an en activité. Un TPT pourra donc être demandé et accordé plusieurs fois pour une même pathologie au cours d’une carrière, sous réserve de la reconstitution des droits.
Lorsque le/la fonctionnaire était en temps partiel avant le début de son TPT, il/elle retrouve immédiatement ses droits à temps plein comme base de calcul de sa rémunération au démarrage de son TPT. Pendant un TPT, il n’est pas possible d’accomplir d’heures supplémentaires. Le TPT peut être suspendu pour suivre une formation à temps plein, sur demande de l’agente médicalement justifiée. Le/la fonctionnaire peut faire évoluer la quotité ou interrompre son TPT sous certaines conditions en fonction de l’évolution de son état de santé. Seules les périodes d’activité (y compris congés pour raisons de santé) ou de détachement sont prises en compte pour la reconstitution des droits à TPT.
Pour bénéficier d’un Temps Partiel Thérapeutique, l’agente doit adresser un courrier au recteur (directement ou par la voie hiérarchique) demandant l’octroi d’un temps partiel pour raison thérapeutique en joignant un certificat médical favorable, simple, précisant la quotité, la durée et les modalités d’exercice (journées ou demi-journées d’absence par exemple). Le première demande, pour 3 mois est de droit. L’autorisation doit être accordée à réception de la demande par l’administration, le TPT commence à compter de la décision qui l’autorise. Il n’y a pas de contrôle systématique lors de la première demande de TPT de un à trois mois.
Congé de maternité
Le temps partiel est automatiquement suspendu pendant un congé de maternité ou d'adoption ou un congé de paternité.
Protection sociale complémentaire
La MGEN est, dès l’origine, la mutuelle professionnelle des personnels de l’Éducation nationale. Depuis 1947, elle gère « par délégation » leur régime obligatoire d’assurance maladie. Cependant les démarches d’inscription auprès de la caisse de « Sécu » vous incombent et sont mises en place de manière différente dans les académies. Il vous faudra donc contacter la MGEN de votre département pour votre inscription.
La « Sécu » ne remboursant pas les frais de santé à 100 %, il est nécessaire d’adhérer à une assurance complémentaire pour être mieux protégé(e). Certains stagiaires couverts par la complémentaire santé obligatoire de leur conjoint peuvent souscrire en parallèle un contrat en prévoyance uniquement. C’est à cette condition qu’ils peuvent aussi bénéficier des allocations journalières en cas de congé longue maladie. Les agents sont libres du choix de leur complémentaire, qui n’est pas obligatoire, qu’elle soit référencée ou non.
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